Bonjour, lors de la création de notre arbre, nous avons constaté que 4 des séquences de notre groupe d'étude se retrouve au milieu de notre groupe extérieur. Y a-t-il un moyen de l'expliquer ou devons-nous retirer les séquences concernées?
Merci d'avance

C'est très important de souligner cette incohérence entre la phylogénie de référence (des espèces) avec la phylogénie de ce gène particulier (en aucun cas il ne faut retirer ces séquences de l'arbre, si elle sont homologues elles y ont leur place!). Et en effet, c'est également essentiel de proposer des hypothèses qui pourraient expliquer cette incohérence entre l'histoire évolutive d'un gène particulier et l'histoire évolutive des espèces qui portent ces gènes. D'une façon générale, on peut imaginer les explications suivantes quand on observe des gènes de groupes taxonomiques A dans des branches de groupes taxonomiques B:

-transferts horizontaux de gènes (HGT), assez commun chez les microorganismes - plus probable si les incohérences sont l'exception plutôt que la règle

-duplication du gène chez un ancêtre commun, devant théoriquement résulter en un arbre "miroir" où à la suite du noeud de duplication chaque branche de chaque paralogue donne naissance à un arbre de référence complet, éventuellement suivie de pertes déséquilibrées de certains paralogues dans certaines branches (l'aspect déséquilibré ou "cryptique" peut aussi résulter d'une sélection imparfaite des paralogues de chaque génome représenté dans l'arbre) - d'autant plus probable que les incohérences sont la règle plutôt que l'exception

-un alignement multiple de piètre qualité, donnant lieu à une inférence phylogénétique qui ne peut être que de piètre qualité - vérifiez que vous avez suffisamment d'AA correctement alignés après Gblocks, et étudiez avec soin les valeurs de support des noeuds menant aux séquences émergeant dans des branches inattendues

-erreurs d'annotation des séquences de la base de données de référence - possible mais rare quand même dans NR, et très très improbable dans SP...