Bonsoir ,
j'ai ouvert une nouvelle page comme cous me l'avez demandé.
Pour ma séquence mon groupe d'étude est l'ensemble des bactéries et comme je n'ai pas archaes ou d'eucaryotes ( de même niveau taxonomique que les bactéries ) je n'ai donc pas de groupe externe. Est ce que cela veut dire que je ne dois pas modifier mon arbre et le rerooter ? est ce que je dois le commenter tel qu'il est ?

Merci beaucoup

Bonsoir,

OK, du coup, j'ai pu aller voir votre séquence.
est-ce que votre seuil entre homologues et non homologues est > à 47 [eudicots]=eucaryote ?
Si la réponse est non, vous avez une séq pour le groupe externe.
Si la réponse est oui, "mon groupe d'étude est l'ensemble des bactéries" : c'est juste.
Donc, dans ce cas, vous avez juste un groupe d'étude et pas de groupe externe.

La fonction "reroot" sert à raciner votre arbre sur le groupe externe, pour sortir ce groupe externe de l'arbre.
Si vous n'avez pas de groupe externe, pas besoin de faire le reroot.
N'oubliez pas de rajouter les groupes taxo à droite de chaque séq pour que l'arbre soit plus lisible.

Bonne continuation
Bénédicte Wirth

Bonsoir,

Mon seuil est en effet supérieur à 47, il est de 62,4 bits. je n'ai pas de groupe externe donc mon arbre n' est pas raciné.
merci