Bonjour,
je ne sais pas comment définir mon groupe d'étude avec les résultats que j'obtiens pour le rapport taxonomique. J'ai quelques bactéries réparties aux scores suivant: 203,77, 36, 126, 85, 65, 53 et 36. Une green sulfur avec un score de 137 et ascomycete avec un score de 35. Tout le reste appartient au groupe de bactéries CFB avec des scores allant de 102 à 54.
Je ne sais pas si je dois prendre l'ensemble des bactéries comme groupe d'étude? Dans ce cas, comment je composerais mon groupe externe?  

Merci

Bonjour,

est-ce que vous connaissez l'appartenance taxo, le sous-groupe bacterien, des seq :
- 203 2 hits [bacteria]
-  77 2 hits [bacteria]              
-  77 2 hits [bacteria]              
-  36 1 hit  [bacteria] ???
Peut-on être sûr que ce ne sont pas des séq de CFB ou de green sulfur ? Y a t'il plusieurs hypothèses ?

Que pouvez vous dire de la position des green sulfur bacteria / CFB ?
- 137 2 hits [green sulfur bacteria]

Si votre groupe d'étude était l'ensemble des bactéries, il faudrait représenter l'ensemble des sous-groupes bactériens : le pouvez vous ?

Pour le groupe d'étude, prenez toutes les séq : des CFB + la séq de green sulfur + des séq bacteria pour verifier leur position taxo => 2 hypothèses pour ces séq bacteria.

Que vous reste t'il comme séq pour former le groupe externe ? pour la validité des groupes, vérifiez aussi le poly .pdf sur la phylogénie ds les FAQ.

Bénédicte

Bonjour,

pour les séquences [bacteria] il y a plusieurs sous groupes possibles vu que ce sont des séquences qui correspondent à l'ancetre commun de tous les sous groupes bactériens. Donc je ne peux pas être certaine qu'elles ne sont pas des seq des green sulfur ou des CFB, non? Il y a plusieurs hypothèses, soit ce sont des seq des CFB, soit des green sulfur bacteria, soit d'aucun des deux.

Sur l'arbre phylogénétique, les green sulfur bactéries sont rattachées au groupe des CFB, ils ont un niveau taxonomique supérieur.

Non je ne peux pas représenter tous les sous groupes bactériens donc mon groupe d'étude ne peut pas être l'ensemble des bactéries. Mais si je prends comme groupe d'étude les CFB + la seq de green sulfur + les seq bacteria, je n'ai plus de sequences pour former mon groupe externe ...

Merci

Bonjour,

- pour les séquences [bacteria] il y a plusieurs sous groupes possibles : oui, ca peut effectivement etre n'importe quel sous groupe bacterien, puisque ce n'est pas specifié. Mais donc ca peut aussi etre des seq de green sulfur ou de CFB. CA on le verra sur votre arbre, selon leur position.

- "Sur l'arbre phylogénétique, les green sulfur bactéries sont rattachées au groupe des CFB, ils ont un niveau taxonomique supérieur." : oui, donc proche, lié au CFB.

- "Non je ne peux pas représenter tous les sous groupes bactériens donc mon groupe d'étude ne peut pas être l'ensemble des bactéries." : OUI, tout a fait. en fait, vous avez une repartition taxo bizarre ds votre groupe d'etude : CFB + une green sulfur (proche des CFB => peut etre un transfert horizontal de CFB vers cette green sulfur ???) + des seq de "bacteria" qui sont peut etre aussi des CFB ou des green sulfur.
==> dans votre cas, prenez toutes ces seq comme groupe d'etude, et donc pas de groupe externe.

Bonne continuation
Bénédicte

je corrige :
vous avez une repartition taxo bizarre ds votre rapport taxo

D'accord. Merci!