Bonjour,

Nous sommes face à un problème avec la reconstruction phylogénétique de notre arbre. Le pipeline pour reconstruire l'arbre se bloque à l'étape de visualisation avec TreeDyn. Nous obtenons le message d'erreur suivant :

Error: TreeDyn returned the following error:
TreeDyn execution returned the following error code: 1

The error might be due to several reasons:
        - all distances are null in the newick tree.
        - invalid characters in taxon names

Est ce que quelqu'un a déjà rencontrer ce problème ? Nous avons essayé avec notre autre analyse et phylogeny.fr se bloque également. Pensez-vous que cela soit du au site internet (inaccessible vendredi…) ?

Merci pour votre aide,

Team Nada & Anaïs

Bonjour,

Nous avons également le problème.

Équipe az-com

Bonjour,

Nous avons rencontré le même problème aujourd'hui, alors que les distances sont non nulles et que les noms sont du même type que ceux utilisés habituellement. Il nous a semblé que cette dernière étape ne recalculait pas l'arbre, mais permettait seulement une présentation visuelle plus agréable et que l'on peut utiliser directement l'arbre obtenu à l'étape précédente, à condition de modifier manuellement les noms pour qu'ils soient plus compréhensibles.

Bon courage,

Clara et Ombeline

Bonsoir,

Copier coller sur le forum l'arbre au format newick (cad l'arbre au format texte, avec des parenthèses) afin que je puisse voir ce problème de plus près.

Céline Brochier

Voici l'arbre obtenu :

                                                                                                          ----0.2--

+---------------------------------------gi_357407019_ref_YP_004918943.1_unnamed_protein_product_Methylom
|
|                          +----gi_255320941_ref_ZP_05362115.1_conserved_hypothetical_protein_Ac
|               +----------+
|               |          +----gi_169634393_ref_YP_001708129.1_hypothetical_protein_ABSDF2987_A
|               |
|      +--------+         +--------gi_257455303_ref_ZP_05620538.1_conserved_hypothetical_protein_En
|      |        |         |
|      |        +---------+
|      |                  | +----------gi_148653416_ref_YP_001280509.1_unnamed_protein_product_Psychrob
|      |                  +-+
+------+                    +--------------gi_296112853_ref_YP_003626791.1_unnamed_protein_product_Moraxell
        |
        |        +------------------gi_373476201_ref_ZP_09567030.1_hypothetical_protein_SinacDRAFT_6
        |        |
        |        |                   +------gi_310644601_ref_YP_003949360.1_unnamed_protein_product_Paenibac
        |        |+------------------+
        +--------+|                  +gi_374321028_ref_YP_005074157.1_unnamed_protein_product_Paenibac
                 ||
                 ||            +------------------------gi_168184426_ref_ZP_02619090.1_putative_membrane_protein_Clostri
                 ||            |
                 ++            |          +gi_42781291_ref_NP_978538.1_unnamed_protein_product_Bacillus_cer
                  | +----------+          |
                  | |          |       +--+
                  | |          +-------+  +gi_384180133_ref_YP_005565895.1_unnamed_protein_product_Bacillus
                  | |                  |
                  +-+                  +--gi_228991176_ref_ZP_04151135.1_hypothetical_protein_bpmyx0001_19
                    |
                    |  +-------------gi_384075706_emb_CCG47202.1_hypothetical_protein_HBHAL_4864_Halo
                    |  |
                    +--+    +----------------GOS_3063020_GULF_OF_MEXICO
                       |    |
                       +----+  +---------------gi_335419628_ref_ZP_08550678.1_hypothetical_protein_SSPSH_03067
                            |  |
                            +--+  +-------gi_71275980_ref_ZP_00652262.1_Protein_of_unknown_function_DUF111
                               |  |
                               +--+
                                  |+---gi_319787638_ref_YP_004147113.1_hypothetical_protein_Psesu_2046
                                  ++
                                   |+---gi_357418078_ref_YP_004931098.1_unnamed_protein_product_Pseudoxa
                                   ++
                                    | +-gi_325918849_ref_ZP_08180929.1_putative_membrane_protein_Xanthom
                                    +-+
                                      +-gi_58580648_ref_YP_199664.1_hypothetical_protein_XOO1025_Xanthom

Ceci n'est pas l'arbre au format newick.
Demandez cette sortie après calculé l'arbre (mais sans passer par treedyn)

(((((((((((((gi_58580648_ref_YP_199664.1_hypothetical_protein_XOO1025_Xanthom:0.020256,
gi_325918849_ref_ZP_08180929.1_putative_membrane_protein_Xanthom:0.008216)
0.966000:0.062017,
gi_357418078_ref_YP_004931098.1_unnamed_protein_product_Pseudoxa:0.069065)
0.722000:0.024027,
gi_319787638_ref_YP_004147113.1_hypothetical_protein_Psesu_2046:0.064973)
0.541000:0.033558,
gi_71275980_ref_ZP_00652262.1_Protein_of_unknown_function_DUF111:0.192651)
0.000000:0.055281,
gi_335419628_ref_ZP_08550678.1_hypothetical_protein_SSPSH_03067:0.365418)
0.817000:0.085819,Notre_sequence_GOS_3063020_GULF_OF_MEXICO:0.404350)
0.913000:0.124363,
gi_384075706_emb_CCG47202.1_hypothetical_protein_HBHAL_4864_Halo:0.334800)
0.860000:0.074124,
((gi_228991176_ref_ZP_04151135.1_hypothetical_protein_bpmyx0001_19:0.060716,
(gi_384180133_ref_YP_005565895.1_unnamed_protein_product_Bacillus:0.000001,
gi_42781291_ref_NP_978538.1_unnamed_protein_product_Bacillus_cer:0.000001)
0.867000:0.071882)0.912000:0.190489,
gi_168184426_ref_ZP_02619090.1_putative_membrane_protein_Clostri:0.593342)
0.955000:0.272831)0.198000:0.033182,
(gi_374321028_ref_YP_005074157.1_unnamed_protein_product_Paenibac:0.000017,
gi_310644601_ref_YP_003949360.1_unnamed_protein_product_Paenibac:0.156008)
1.000000:0.445409)0.030000:0.032319,
gi_373476201_ref_ZP_09567030.1_hypothetical_protein_SinacDRAFT_6:0.431649)
0.826000:0.214502,
gi_357407019_ref_YP_004918943.1_unnamed_protein_product_Methylom:1.135175)
0.882000:0.221935,
((gi_296112853_ref_YP_003626791.1_unnamed_protein_product_Moraxell:0.332284,
gi_148653416_ref_YP_001280509.1_unnamed_protein_product_Psychrob:0.241863)
0.078000:0.048410,
gi_257455303_ref_ZP_05620538.1_conserved_hypothetical_protein_En:0.178748)
0.975000:0.248179)0.985000:0.270956,
gi_169634393_ref_YP_001708129.1_hypothetical_protein_ABSDF2987_A:0.082290,
gi_255320941_ref_ZP_05362115.1_conserved_hypothetical_protein_Ac:0.082365);

Bonjour,
Nous rencontrons le meme probleme egalement.

Helene et Matthieu

Bonjour,

Avez-vous toujours le même problème ? ou est-il résolu?

Céline Brochier

Bonjour,

Le problème a été résolu.

Cordialement,

Equipe az-com