Bonjour à tous !
Nous rencontrons plusieurs problèmes et nous voudrions éclaircir plusieurs points...

Tout d'abord c'est une question à propos des homologues et de la détermination du seuil dans notre BALASTp contre nr. Nous n'avons pas bien compris la correction, il est écrit : "SI, cette 1ere seq EST homologue, et la 3eme peut etre aussi, cf taille de l'alignement + motifs conservés
==> mais la 2eme, probablement NON homologue, cf motifs + taille alignement : donc deja le seuil !"
Si on justifie correctement pourquoi on considère la 1ère et la 3ème séquences comme homologues, et la 2ème comme non homologue, comment peut-on donner une valeur seuil ? Même si les e-values et les scores de la 2ème et de la 3ème séquences sont assez proches, doit-on plutôt prendre les valeurs de la 3ème séquence pour notre seuil ? Cela ne contredirait pas la non homologie de la 2ème séquence dans ce cas ?

Toujours avec la détermination du seuil, nous remarquons un saut de e-value dans notre BLASTp contre nr-env (2e-15 --> 0.070). Vaut-il mieux prendre la limite inférieure (2e-153) ou supérieure (0.070) pour déterminer un seuil d'homologie ?

Ensuite, nous rencontrons un problème d'affichage puisque nous ne voyons pas l'intégralité de la correction du BLAST !! Nous ne pouvons donc pas corriger la fin de cette partie... Si l'un des deux professeurs peut remédier à ce problème s'il vous plaît !

Dans la partie rapport taxonomique, nous travaillons avec trois homologues : deux issus d'a-proteobacteria (donc notre groupe d'étude) et une protéine codée par une séquence métagénomique. Doit-on inclure cette dernière dans le groupe d'étude ?

En observant nos arbres, il se trouve que notre séquence partage son ancêtre commun le plus récent avec la séquence protéique codée par la séquence métagénomique. Peut-on tout de même dire que notre fragment provient d'une a-proteobacteria ?

Nous vous remercions par avance pour toutes vos réponses à nos questions.

Bonjour,

problème d'affichage pour paragraphe BLAST réglé.

Bénédicte Wirth

"Si on justifie correctement pourquoi on considère la 1ère et la 3ème séquences comme homologues"
==> votre 1ere seq EST homologue, c'est sur.
==> la 2eme semble NE PAS etre homologue : donc c'est votre seuil, limite entre homologues ET la zone d'ombre. Et dans la zone d'ombre vous avez un melange de seq homologues et non homologues.
==> Donc normalement, vous ne considerez PAS la seq 3, puisque le score est sous le seuil.
==> Mais puisqu"elle semble homologue, ET parce que vous avez tres peu de seq (seulement 3 ou 4), vous pouvez l'utiliser quand meme, en justifiant pourquoi et qu'elle est bien homologue (cf les criteres ds la correction)
==> c'est au choix, à vous de voir !

Bon travail
Bénédicte

"Toujours avec la détermination du seuil, nous remarquons un saut de e-value dans notre BLASTp contre nr-env (2e-15 --> 0.070). Vaut-il mieux prendre la limite inférieure (2e-153) ou supérieure (0.070) pour déterminer un seuil d'homologie ? "
==> limite supérieure (0.070)
==> 2e-15 est encore un homologue !

Bénédicte

"Dans la partie rapport taxonomique, nous travaillons avec trois homologues : deux issus d'a-proteobacteria (donc notre groupe d'étude) et une protéine codée par une séquence métagénomique. Doit-on inclure cette dernière dans le groupe d'étude ?"
==> Vous avez tres peu de seq qui constitue UN seul gpe d'etude et pas de groupe externe !

Bénédicte

"En observant nos arbres, il se trouve que notre séquence partage son ancêtre commun le plus récent avec la séquence protéique codée par la séquence métagénomique. Peut-on tout de même dire que notre fragment provient d'une a-proteobacteria ? "
==> voir .pdf Phylogenie dans les FAQ

Merci beaucoup pour votre aide