Bonjour,

En ce qui concerne notre deuxième séquence, nous avons fait l'analyse jusqu'à l'arbre phylogénétique, notre groupe d'étude est constitué de protéobactéries et le groupe externe de 3 firmicutes et une spirochete (nous devions choisir dans le phylum des bactéries). Le résultat de l'arbre est assez surprenant à première vue car notre protéine étudiée se retrouve sur une branche à part avec la spirochete, les protéobactéries sont regroupées au centre et les firmicutes ensemble en haut de l'arbre.  L'arbre paraît juste vu que la répartition des bactéries est regroupée par espèce mais il était surprenant de voir que notre protéine était plus proche de la spirochete alors qu'elle avait des hits beaucoup plus forts avec les protéobactéries dans l'alignement. Après réflexion, nous nous sommes dit qu'il est possible que l'organisme dont provient notre séquence soit plus proche d'une spirochete que d'une protéobactérie car nous ne savons pas exactement quels sont les critères utilisés pour construire l'arbre et avec l'alignement nous n'avions que l'information sur la séquence en elle-même.
Nous aimerions connaître votre avis sur la question, est-ce que l'arbre est à refaire ou notre réflexion est cohérente ?

Merci d'avance.

Equipe az-com

Bonjour,

Je viens de regarder votre feuille d'annotation et je pense qu'il y a un problème.

Concernant votre hypothèse sur le choix du groupe d'étude et du groupe extérieur. En effet, les homologues les plus proches que vous trouviez sont des archées (phylum Euryarchaeota), or vous n'avez sélectionné aucun représentant de ce groupe.

Par rapport à votre question, ce que vous observez est tout à fait normal, au vue de votre taxonomy report. En effet, en regardant les scores associés aux homologues détectés par blast, on remarque que les firmicutes, spirochaetes et proteobacteria ont des scores (ou des evlaues) relativement similaires. Or normalement, on s'attend à ce que les séquences du groupes d'études soient plus apparentées à votre séquences que les séquences du groupe extérieur. Ceci doit se traduire par des evalues plus faibles pour le groupe d'étude que pour le groupe extérieur. Or vous n'observez pas cela.

Pour rationnaliser votre résultat (qui n'est pas faux en soit), je vous conseille de regarder le pdf 'comment reconstruire une phylogénie' accessible via la FAQ de l'annotathon.
Une autre chose qui peut vous mettre sur la voie est de comparer le nombre d'homologues de chaque groupe bactérien que vous détectez avec l'abondance relative des séquences présentent dans les banques de séquences pour ces groupes.

Bonne continuation,

Céline Brochier

Bonjour,

Merci pour votre réponse. Cependant, il y a un point que nous avons du mal à comprendre. Le groupe d'étude doit être composé d'une vingtaine de séquences, pourtant, vous nous demandez de choisir parmi les archées ce qui est impossible pour nous compte tenu de leur faible nombre (moins de 6...).

Nous ne pouvons pas non plus les prendre en tant que groupe extérieur. En effet, le groupe  d'étude est obligatoirement les protéobactéries ici (celles qui ont les plus gros hits après les archées), et donc le groupe extérieur doit être composé d'un autre phyllum appartenant à la superfamille des procaryotes.

Il y a un point sur lequel nous nous trompons surement. Pourriez vous nous aider de nouveau ?

Cordialement,

Equipe az-com