Bonjour à tous,
Je rencontre quelques difficultés pour définir mes groupes d'étude et externe.
Mon groupe avec les scores les plus élevés (213 à 66) correspondent aux a-proteobacteria. Je pense donc le définir comme groupe d'étude, et selon ce raisonnement, je devrais avoir les autres Proteobacteria comme groupe externe. Ce qui pourrait convenir puisque d'après mon BLAST, ce groupe a des scores de 152 à 34.
Seulement, j'ai aussi des scores allant de 153 à 31 (donc très chevauchant avec les Proteobacteria !) qui correspondent aux scores des autres Bactéries...
Je ne peux tout de même pas définir comme groupe externe l'ensemble des Bactéries sauf les a-proteobacteria puisque le niveau taxonomique n'est pas le même que celui du groupe d'étude, n'est-ce pas ?
Si quelqu'un a une suggestion...
Je vous remercie !

P.S. : et sinon j'ai un groupe Archaea + Eukaryote avec des scores plus faibles (135 à 38)

Si votre groupe d'étude est les a-proteobacteria, alors automatiquement, votre groupe externe est les g-proteobacteria, cela saute aux yeux lorsque l'on regarde la phylogénie de référence.

Raphaël Bourgeas