B_Wirth_12
28 Feb 2012 0:28
Game master |
Bonjour,
Vous avez mal choisi les séq pour constituer votre groupe d'étude.
On a dit, groupe d'étude = l'ensemble des bactéries.
Cela signifie que les séq que vous sélectionnez doivent représenter l'ensemble de ce groupe !
Là, je vous renvoie à la phylogénie de référence des bactéries.
Vous verrez qu'il existe différents sous-groupes taxonomiques au sein des bactéries (Thermotogales, Aquificales, Cyanobacteria, Firmicutes, ...)
Vos séq sélectionnées doivent donc représenter l'ensemble de ces sous-groupes, et de manière équitable, équivalente.
Or dans votre arbre, vous n'avez représenté que quelques groupes : les protéo-, les CFB, et les firmicutes.
=> Du coup, vous sur-représentez ces groupes là par rapport aux autres
=> et les autres groupes sont sous-représentés, enfin pas représentés du tout
=> ce n'est pas bon.
Il est vrai que vous avez essentiellement des séq de protéo-, CFB, et firmicutes,
MAIS vous pouvez tout de même trouver des séq de aquificales, thermotogales, spirochetes, high GC Gram+, green sulfur bacteria, GNS bacteria, etc... (cf votre taxonomy report) qui doivent donc apparaitre dans votre arbre !
Votre groupe externe = Archaea + eucaryotes
or pas d'homologues chez les archaea, donc groupe externe = eucaryotes.
Le principe est le même pour le groupe externe : cf phylogénie de référence des eucaryotes
Attention : la liste des séq que vous sélectionnez doit apparaître quelque part !
Relisez bien les règles du jeu et les FAQ, pour trouver la réponse.
"à quoi correspond le groupe CFB bactérie ?"
=> voir la taxonomie de référence des bactéries dans les règles du jeu et le pdf sur la phylogénie dans les règles du jeu.
"ESt t'il juste de dire d'après mes arbres que mon ORF code pour une protéine qui serait présente chez les bactérie et en particulier chez le groupe CFB ?"
=> La réponse est NON :
1) les séq que vous avez sélectionnées sont toutes des séq homologues = condition sine qua non pour la reconstruction phylogénétique. Donc toutes ces espèces possèdent la protéine homologue.
2) le but de cette analyse est de déterminer l'origine taxonomique de l'organisme dont est issu votre séq : donc c'est l'organisme dont est issu votre séq qui appartiendrait au groupe des...
3) relisez le pdf sur la phylogénie dans les règles du jeu : ce document vous explique si dans ce cas vous pouvez conclure ou non sur l'appartenance taxonomique de votre organisme. |
MERROUCH
11 May 2012 19:34
Non evaluated contribution |
Bonjour,
Suite au rapport taxonomique j'ai choisi comme groupe d'étude l'ensemble des bactéries, je n'ai pas de groupe externe.
Est-ce que c'est normal si les arbres phylogénétiques réalisé avec PhyMl et neighbor, ne séparent pas les différent groupe de bactéries ( par ex G protéobactérie des B protéobactérie ) ? j'ai essayé de rérouter mais je n'ai pas pu les séparer ?
comment je dois m'y prendre ?
Merci
Cordialement. |
B_Wirth_12
12 May 2012 11:52
Game master |
Bonjour,
>Suite au rapport taxonomique j'ai choisi comme groupe d'étude l'ensemble des bactéries, je n'ai pas de groupe externe.
==> Si votre groupe d'étude est l'ensemble des bactéries, vous devriez avoir un groupe externe de même niveau taxonomique (voir .pdf phylogénie dans FAQ)
==> Sauf si vraiment vous n'avez pas de séquences de ces organismes dans votre rapport taxonomique (mais je ne peux pas le vérifier, je n'ai pas accès à votre formulaire, si vous n'ouvrez pas un nouveau post sur le forum)
>Est-ce que c'est normal si les arbres phylogénétiques réalisé avec PhyMl et neighbor, ne séparent pas les différent groupe de bactéries ( par ex G protéobactérie des B protéobactérie ) ?
==> Par définition, si vous n'avez pas de groupe externe, votre arbre est non raciné, et donc pas besoin de faire de reroot
==> Il se peut effectivement que les groupes bactériens se mélangent : il faut y trouver une explication possible. |