Bonjour,

Je rencontre un problème avec le choix de valeur seuil: j'ai trouvé une valeur seuil mais je n'arrive pas à savoir si elle est correct ou pas ? De plus on nous demande de déterminer une zone seuil mais je ne sais pas du tout ce que c'est exactement ni comment la déterminer ni ce qu'il faut faire après l'avoir déterminer !?

Merci d'avance.

Bonjour,

ta valeur seuil sert à définir par la suite ton groupes externe et ton groupe d'étude. Tu prendras les différents codes fasta (des séquences que tu as choisis) que ensuite tu rentreras dans phylogeny.fr avec ta séquence protéique que tu auras auparavant eu avec ton ORF.

Tes groupes, externe et d'étude, tu prendras 20 à 30 séquences de ton groupe d'étude et 5 a 10 séquence de ton groupe externe (le groupe d'étude et externe sont supérieur aux seuil que tu as choisis) [i]Par exemple pour le miens mon seuil est d'un score de 53, j'ai des virus en groupe d'étude et des bactéries en groupe externe.Ensuite j'ai pris les codes fasta des séquences que j'ai choisis et j'ai mis dans phylogenie.Fr[/i]

Je suis pas le prof, mais ton seuil me semble trop élevé! Tu dois comparer t'es alignements pour essayé de trouvé un bon seuil ... (c'est assez compliquer ca!)

[u][g]Bon courage à vous ![/g][/u]

Comme l'a dit stellathan, votre e-value seuil est trop élevée (et de ce fait votre score seuil trop faible). De plus, on voit que vous avez des protéines avec des fonctions différentes qui ont un score plus élevé que votre score seuil. Le score que vous avez définit est plutôt la limite basse de votre zone seuil. La zone seuil est la zone à l’intérieur de laquelle vous avez à la fois des homologues et des non-homologues, avec au dessus que des homologues, et en dessous que des non homologues. Or, votre score seuil doit être la limite supérieur de votre zone seuil.

Bonne chance,
Raphaël Bourgeas

Merci pour vos réponses