quelles séquences dois-je choisir pour l'alignement multiples sachant que j'en n'ai aucun résultat "Lineage Report" puisque ma séquence est inconnue (BLASTp vs nr-env);
est ce juste de prendre les 20 séquences des résultats blast qui me semble homologues( qui constituent le groupe d'étude) et 6 autres non homologues (constituent le groupe externe),c'est ce que j'ai fait mais j'ai obtenu un mauvais alignement multiple.
merci de vouloir me répondre .

Bonjour amel-faiza, 1ère remarque : quand vous avez une question sur votre propre séquence, commencez toujours un nouveau fil de discussion dans le forum, et renseignez le N° d'accession de votre séq, pour que je puisse aller voir votre séquence. Avec BLASTp vs nr-env vous récupérez effectivement des séq dont on ne connait pas l'origine taxonomique. Ce sont des données métagénomiques comme votre séq d'intérêt. Vous ne disposez donc pas du Taxonomy Report, et vous n'avez rien à mettre dans les résultats bruts de cette section. Par conséquent, vous ne pouvez pas définir un groupe d'étude et un groupe externe. Et vous n'aurez qu'un groupe d'étude (PAS de groupe externe). Ainsi, lors de la reconstruction des arbres phylogénétiques, vous obtiendrez des arbres NON racinés. "est ce juste de prendre les 20 séquences des résultats blast qui me semble homologues( qui constituent le groupe d'étude) et 6 autres non homologues (constituent le groupe externe),c'est ce que j'ai fait mais j'ai obtenu un mauvais alignement multiple." => Dans le blast, il vous faut tout de même définir le seuil entre séq homologues et non homologues => Puis vous récupérez 20-30 séq homologues, à répartir sur toute la gamme de scores de votre blast, qui constituera votre groupe d'étude. ATTENTION à votre expression écrite : - "est ce juste de prendre les 20 séquences des résultats blast qui me semble homologues" => il faut d'abord définir le seuil entre séq homologues et non homologues ! => les séq ayant un score > à votre seuil SONT homologues => les séq ayant un score < à votre seuil NE SONT PAS homologues - "et 6 autres non homologues (constituent le groupe externe)" => SURTOUT PAS ! => Un arbre phylogénétique représente les liens de parenté entre les séq : il faut donc que TOUTES les séq inclues dans l'analyse (donc dans l'alignement multiple) SOIENT homologues !!! cf le cours : Homologues = lien de parenté = ancêtre commun => que ce soient les séq du groupe d'étude ou du groupe externe ! => Si les séq ne sont pas homologues, elles n'ont pas de lien de parenté, donc aucun intérêt de faire un arbre plylogénétique représentant des liens de parenté... Il sera faux. D'où le mauvais alignement multiple que vous avez obtenu. => Donc TOUTES les séq que vous sélectionnez doivent avoir un score > au score déterminé pour le seuil. Bon travail, Bénédicte