Bonjour,

On me demande d'expliquer le grand nombre d'homologues trouvés dans la banque env_nt alors que nous n'avons pas trouvé d'homologue dans la banque env_pr ?
   D'après moi,cela s'explique par le fait que nous avons des séquences métagénomiques ce qui signifie que les échantillons viennent de l'environnement sans savoir de quels organismes ils proviennent. En effet, ces séquences sont en cours d'étude. Il est donc normal d'avoir plus de résultat lorsqu'on compare notre 0RF à une base de donnée environnementale nucléotidique plutôt qu'a une base de donnée envirronementale protéique.  

  Du fait de cette question je me suis posé la question suivante:
Comment expliquer le grand nombre d'homologues trouvés dans la banque nr avec le blastx alors que nous n'avons pas trouvé d'homologue avec blastp?
  Cela s'explique par le fait que notre séquence requête soit nucléotidique et non protéique comme il est le cas pour le blastp. Nous avons une séquence requête plus longue dû à la présence des introns et des exons.

Est-ce que mes interprétations sont correctes?

Merci,
Renée et Jennifer

Bonjour,

Non, votre raisonnement n'est pas correcte dans votre cas.  
La grande différence entre un BLASTp et un BLASTx ou tBLASTn est que dans BLASTp vous comparez votre séquence traduite dans UN cadre donné avec une banque protéique, tandis que dans les deux autres, soit votre séquence soit la banque est traduite dans les SIX cadres.
Cela vous donne une piste pour expliquer le grand nombre d'homologues trouvés dans la banque env_nt alors que vous n'avez pas trouvé d'homologues dans la banque env_pr.

Emese Meglecz