Annotathon fr
L'Annotathon est un environnement Internet pour l'apprentissage des méthodes bioinformatiques d'analyse de séquence. Les participants ajoutent à leur panier de séquences des fragments d'ADN génomique environnementaux issus de différentes océans (projet Global Ocean Sampling de Venter et al.) et les annotent. Les analyses comprennent la détection de régions codantes, la recherche de séquences homologues dans les banques de séquences, l'identification de domaines protéiques conservés ainsi que la construction d'arbres phylogénétiques.
L'Annotathon est conçu pour gérer de larges cohortes de participants (dénommées équipes, par exemple des promotions d'étudiants) encadrés par des enseignants. Chaque séquence annotée par chaque participant est examinée, commentée et évaluée par les enseignants à deux reprises, permettant aux participants de se corriger et d'améliorer la qualité de leurs analyses. Après la clôture d'une session, les participants peuvent recevoir une évaluation quantitative pour l'ensemble de leurs annotations.
Vous souhaitez participer?
Etudiants inscrits à un cours participant à l'Annotathon
Vous êtes invités à ouvrir un compte dans votre équipe (par exemple BioCell2007) en utilisant l'onglet "Nouveau Compte" du portail Annotathon.
Enseignants qui souhaitent diriger une équipe d'étudiants avec l'Annotathon
Vous trouverez toutes les instructions pour ouvrir une nouvelle équipe dans le Manuel de l'Instructeur (en anglais).
Annotateur freelance volontaire ou curieux
Vous êtes invités à ouvrir un compte dans l'équipe "Open Access" en utilisant l'onglet "Nouveau Compte" du portail Annotathon.
Annonces et groupe de discussion
Pour s'informer des nouvelles de l'Annotathon, rendez-vous sur le groupe de discussion Annotathon
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Liens utiles
- Accès à l'Annotathon
- Instructions: Manuel de l'utilisateur de l'Annotathon
- Guide avancé des annotations: Annotathon: foire aux questions
- Manuel des enseignants: Instructor Manual (actuellement en anglais seulement)
- Les fiches Annotathon publiques: Metagenes
Langues
L'Annotathon est actuellement disponible en français et en anglais. Les traducteurs dans d'autres langues sont les bienvenus! Tous les termes spécifiques aux langues sont externalisés dans un fichier (actuellement environ 500 termes et phrases). L'expérience montre qu'une traduction complète ne devrait pas prendre plus d'une dizaine d'heures (y compris la traduction des "Règles du Jeu").
Auteurs
L'Annotathon a été conçu par l'équipe pédagogique de bioinformatique de Marseille:
- Pascal Hingamp, Emmanuel Talla, Denis Thieffry & Carl Herrmann (Université de la Méditerranée / Faculté des Sciences de Luminy)
- Céline Brochier (Université de Provence / UFR SVTE)
- Daniel Gautheret (maintenant à Université Paris Sud / Orsay)
Le logiciel est développé en Open Source par Pascal Hingamp.
