Forum "Domaines conservés: INTERPRO"

Thread subject: Fonctionnement interpro

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Fonctionnement interpro
louss_riquet
9 Mar 2009 11:22
Non evaluated contribution
Bonjour,
Nous avons fait une recherche de domaine protéique avec interpro.
Nous avons du mal à interpréter les résultats obtenus puisque nous ne comprenons pas à quoi correspondent les domaine et les familles.
Merci.
louss_riquet
9 Mar 2009 11:48
Non evaluated contribution
Avec la recherche interpro nous obtenons les résultats suivants:
Sequence_1        3D1AD8B130C837E4        283        superfamily        SSF52518        Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)        13        250        2.9e-62        T        09-Mar-2009        NULL        NULL        
Sequence_1        3D1AD8B130C837E4        283        HMMPfam        PF00676        E1_dh        1        230        7.9e-18        T        09-Mar-2009        IPR001017        Dehydrogenase, E1 component        Biological Process: metabolic process (GO:0008152), Molecular Function: oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, disulfide as acceptor (GO:0016624)
Sequence_1        3D1AD8B130C837E4        283        Gene3D        G3DSA:3.40.50.970        no description        1        257        9.8e-56        T        09-Mar-2009        NULL        NULL        
Sequence_1        3D1AD8B130C837E4        283        HMMPanther        PTHR23152        2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE        47        283        2.2e-105        T        09-Mar-2009        IPR011603        2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component        Molecular Function: oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity (GO:0004591), Biological Process: glycolysis (GO:0006096), Molecular Function: thiamin pyrophosphate binding (GO:0030976)

Que signifie le NULL NULL?
Merci encore.
Brochier09
14 Mar 2009 17:23
Game master
Bonjour,

Le NULL indique tout simplement que la donnée correspondante est manquante.
Attention, quand vous allez reporter vos résultats, copiez/collez tous les résultats bruts.
Par contre, vous devez analyser les résultats et n'indiquer que les domaines pertinents, c'est-à-dire ce qui correspond à de vrais domaines (en faisant attention de bien identifier les faux positifs).
Par ailleurs les domaines fonctionnels d'INTERPRO sont organisés de manière hiérarchique. Par exemple des domaines peuvent être inclus dans d'autres, et dans ce cas, il ne faut faire figurer qu'un seul de ces domaines.

Pensez également à discuter vos choix ainsi que les e-values

Cordialement

Céline Brochier