Forum "Fonctions moléculaires & Processus biologiques"

Sujet de discussion: Message de HU Yinghua (séquence HMP2_11687030)

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Message de HU Yinghua (séquence HMP2_11687030)
B_WIRTH_WUT_24
18 Apr 2024 10:27
Maître de jeu
Bonjour Madame,
  Après avoir chercher GO de Processus Biologique et GO de la fonction moléculaire en utilisant swissprot, j'ai trouvé les résultats. Dans notre cas,deux GO n'existe pas dans une même protéine. CAD  GO:0006259 et GO:0016787(voire l'image SVP)n'appartiennent à la même protéine. J'ai choisit GO0006259 venant du 'mitochondiral respiratory chai complex I assembly'();et GO00016787 venant de 'ATP hydrolysis activity'.    Je pense que c'est bizarre...
Pourriez-vous me dire s'il serait possible d'utiser ce résultat?
PS:notre séquence est
>HMP2_11687030 Traduction [800-1216 sens indirect] SMSEECTHDCSTCGAACSSRTAAPEHDAPNPNSSVKKVIGVVSGKGGVGKSMTSALLACAMARRGYHCGILDADITGPSIPKLFGIHGRAMADEKGCWPI QSRMGIDVMSINLLVENEEDPVVWRGPVIAGHASGNR
 
Je vous remercie d’avance pour votre réponse
B_WIRTH_WUT_24
18 Apr 2024 10:50
Maître de jeu

Bonjour,

lors de votre analyse, vous allez effectivement trouver des termes GO dans les résultats Interpro et/ou dans les fiches des homologues trouvés dans Swissprot.

Ce sont les termes GO que vous me présentez.

Il est possible de trouver plusieurs termes GO différents pour la fonction moléculaire ou pour le processus biologique. C'est votre cas.

Il faut savoir que ces termes GO, que vous trouvez, sont souvent des sous-catégories très précises.

Or, dans le menu déroulant présent dans votre formulaire annotathon, TOUS les termes GO ne sont pas répertoriés, car ils seraient beaucoup trop nombreux.

Les termes GO proposés dans le menu déroulant correspondent uniquement à des catégories de niveau hiérarchique élevé, des catégories larges.

 

Pour choisir un terme GO, vous devez donc cliquer sur un des termes GO trouvés.

Vous êtes alors redirigés vers le site QuickGO.

Vous descendez sur la page jusqu'à voir l'arborescence, et vous remontez cette arborescence jusqu'à trouver un terme GO qui est effectivement présent dans votre menu déroulant.

Il faudra ensuite expliquer le choix de vos termes GO dans la conclusion du travail, dans le paragraphe dans lequel vous discuterez la fonction de votre protéine.

 

Vous pouvez donc effectivement être amené à proposer un terme GO que vous n'aviez pas identifié dans les résultats Interpro ou dans les fiches Swissprot.

Il faudra simplement expliquer ce choix dans la conclusion.

 

J'espère avoir répondu à votre question.

Bien cordialement,

et bon travail,

Bénédicte WIRTH