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Sujet de discussion: doute annotation séquence

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doute annotation séquence
levana
5 Nov 2023 22:19
Contribution non évaluée
Bonjour,
Je finis bientôt l'analyse superficielle afin de sélectionner la séquence sur laquelle je travaillerai, mais j'ai une séquence que je ne sais pas comment annoter en "conclusion" : les premiers résultats d'identité sont supérieurs à 95% puis la suite des séquences sujettes sont putatives et ont environ 70% d'identité. Comment la considérer ? Que noter dans le champs conclusion svp ?
Merci de votre aide,
 
levana
Meglecz23-4CTES
6 Nov 2023 8:53
Maître de jeu

Bonjour,


Pourriez-vous poster votre question à partir de la séquence dont vous parlez? Sans voir les résultats bruts, je peux difficilement répondre à votre question.

 

Si le meilleur %identité est > 95%, alors vous ne pouvez pas utiliser cette séquence. C’est clairement marqué dans les protocoles.


Pour renseigner le champ de conclusion, répondez aux questions suivant en étant synthétique (voir fin de Règles du jeu dans le champ Conclusion) :
1.    La séquence est-elle codante ? Utilisez les résultats d’ORFinder et BLAST
2.    Discutez de la position de départ de l'ORF (consultez la FAQ pour les subtilités et erreurs classiques à ce sujet)! Utilisez les résultats de l’ORFinder, Alignement multiple et éventuellement BLAST.
3.    Quelle est la fonction de la protéine ? Utilisez pour les prédictions de fonction les annotations disponibles pour les homologues de votre ORF dont la fonction est connue, par exemple dans les fiches SWISSPROT.4.    À quel groupe taxonomique appartient cette séquence ? Utilisez essentiellement les analyses phylogénétiques.


Bon travail,
Emese Meglecz