bonjour

j'ai choisis mon goupe d'étude les proteobacteria avec e-valeur 0  ( j'ai annuler la  deuxième  séquence  proteobacteria avec e-valeur 0 après verification qu'elle vient de l'environnement ) et mon groupe extérieur donc est les Bacteroidetes mais avec evaleur 0 aussi 

ici si j'ai fait le bon choix des groupes comment je peux calculer la différence des e-valeurs  et ca marche comme ca ou non 

Merci 

Bonjour Ma93,

L’ORF que vous avez analysé est long, et les %identités sont élevés. En conséquence, il y a des hits très hautement significatifs. Une valeur affichée comme  0.0 veut dire qu’elle est entre 0 et 1e-182, donc très petite.
Une façon de contourner cette situation sera de faire le BLASTp avec l’ORF raccourci. Prenez, par exemple, la première moitié de l’ORF. Cela va faire les alignements plus courts et les Evaleurs plus élevées, et avec un peu de chance, vous allez pouvoir identifier un groupe d’étude. Attention, pour l'alignement multiple, incluez bien la totalité de l’ORF.

Remarque :
Attention, si votre groupe d’étude est les alphaprotéobactéries, le groupe extérieur (le groupe frère) n’est pas des Bacteroidetes. Utilisez l’arbre de vie pour trouver le groupe extérieur correct.
http://annotathon.org/Metagenes/index.php/Annotathon:_foire_aux_questions#L.27arbre_de_la_vie.2C_vu_par_les_microbes

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour 

merci pour votre réponse j'ai travaillée avec le moitié de l'ORF et j'ai comme groupe d'étude les Alphaprotéobactéries et mon groupe extérieur est les autres protéobacteria sauf alpha 

ma question je dois noté que j'ai travaillée avec l'orf raccourci et je garde les anciens résultats ( de l'orf complet ) ou non 

Merci  

Bonjour,

Notez dans le protocole de BLAST que vous avez utilisé la séquence raccourcie, en donnant sa taille et la position dans l‘ORF.

Ensuite, justifiez brièvement cette démarche dans les analyses.

Pour faire l’alignement multiple et l’arbre, par contre, utilisez bien l’ORF complet.

Dans la version soumise, gardez que les tableaux pertinents (vous pouvez garder les autres dans le Bloc-note) pour que je puisse facilement voir avec quelles données vous avez travaillé.

Bon travail,
Emese Meglecz