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Forum "Conclusion"

Thread subject: correction

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correction
noura
21 Apr 2008 21:16
Non evaluated contribution
Bonjour !
Nous avons reçu la correction de notre ORF_NP24130.39. Et nous ne comprenons pas les remarques qui ont été faites.
Par exemple/ ORF:Manque le protocole (brin, codons initiation, code génétique... Alors que nous avons bien précisé dans notre conclusion que l’ORF qu’on a choisi celui obtenu par lecture direct du brin codant car c’est celui qui a le plus grand nombre d’acides aminés ;  il commence  du nucléotide  n°50 au n°979 : 310aa
Il s’agit d’un ORF incomplet en 5’ et en 3’ puisqu’il ne commence pas par un codon d’initiation et ne fini pas par un codon stop. Par le biais de SMS nous avons pu déterminer le poids minimal de notre ORF «34.72kda » : SMS/Protein Molecular Weight
   Donc notre séquence est codante. Elle possède un ORF qui code pour  310 acides aminés et un poids moléculaire supérieur à 34.72KDa.
Pour ce qui est du  protocole utilisé nous l’avons aussi mentionné :
Nous avons utilisé une suite logicielle SMS/ORF Finder :
      -        le seuil de longueur choisi pour notre ORF est plus de  60acides aminés : >60aa
      -        cadre de lecture est (1+2+3) pour le brin codant et (1+2+3) pour le brin complémentaire. En effet une séquence d’ADN peut être lue en trois phases de lecture différentes : Phase 1,2 et 3.
      -        Le code génétique choisi pour la traduction de notre ORF est le code génétique standard puisque nous ne connaissons pas l’origine de notre séquence, si elle est mitochondriale ou nucléaire.
     -        Afin d’avoir le maximum de chance d’obtenir  un ORF complet avec le plus d’information possible nous avons choisi l’option Any codon.
Nous avons aussi précisé que notre ORF ne commence pas par un codon start et ne fini pas par un codon stop.
Ensuite nous avons fait blastp contre nr, blastx contre swissprot mais nous n’avons pas pu déterminer le codon d’initiation. On nous dit de le trouver avec les alignements multiples mais nous n’arrivons pas à le faire. Comment procéder ?
Par ailleurs pour la phylogénie, si on choisit un score seuil inférieur à 300 pour le choix de notre groupe extérieur nous obtenons des arbres non racinés avec l’ORF qui se trouve à l’extérieur de l’arbre : donc difficile pour nous d’interpréter.
Enfin vous nous avez ecrit : -poids moléculaire::Calcul non fait ou calcul non pertinent  pourtant nous avons bien précisé dans notre conclusion que le  poids que nous avons obtenu n’est que le poids minimal puisque notre ORF est incomplet !!(voir ci-dessus)
- Il faut indiquer les paramètres utilisés pour chaque analyse dans les cadres résultats : nous n’avons pas compris puisque à chaque étape de notre manipulation nous avons donné les protocoles, résultats et les interprétations !!
Excusez nous mais nous avons l’impression que notre conclusion n’a pas été lue !!!

Brochier_B08
21 Apr 2008 22:40
Game master
Bonsoir,

1/ Il a été expliqué à de multiples reprises lors des TD que les paramètres utilisés pour chacune des analyses doivent figurer dans la conclusion certes, mais aussi dans les cadres résultats. Ceci afin que les correcteurs puissent avoir ces informations à disposition non seulement lors du contrôle des résultats mais aussi lors de la lecture de la conclusion.

2/ En ce qui concerne le positionnement du start, vous avez une première indication de sa position lorsque vous travaillez avec ORF finder. Néanmoins il a été expliqué en TD plusieurs fois, qu'il fallait affiner la position du start prédit grâce à la position du start prédit chez les homologues. Ceci se fait lors de l'étape du blast et/ou lors de l'alignement multiple.

3/ Je ne comprends pas votre remarque vis à vis de l'arbre. Le score seuil qu'on vous demande de déterminer représente la limite entre séquences subject homologues à votre query et séquences subject non homologues à votre séquence query. Cela n'a rien à voir avec la définition du groupe extérieur et du groupe d'étude.

4/ Pour le poids moléculaire de la protéine codée par votre ORF, vous pouvez indiquer un poids minimal dans la conclusion, mais dans ce cas vous ne devez pas remplir la case correspondante (elle ne doit être remplie que lorsque le poids moléculaire peut être prédit pour la protéine entière).

5/ "Il faut indiquer les paramètres utilisés pour chaque analyse dans les cadres résultats" cette phrase fait référence au point 1, c'est à dire qu'il faut mentionner les paramètres utilisés dans les cadres de résultats.

6/ Votre dernière phrase

Brochier_B08
21 Apr 2008 23:29
Game master
Bonsoir,

1/ Il a été expliqué à de multiples reprises lors des TD que les paramètres utilisés pour chacune des analyses doivent figurer (i) dans la conclusion et (ii) dans les cadres résultats. Ceci afin que les correcteurs puissent avoir ces informations à leur disposition non seulement lors du contrôle des résultats mais aussi lors de la lecture de la conclusion.

2/ En ce qui concerne le positionnement du start, vous avez une première indication de sa position lorsque vous travaillez avec ORF finder. Néanmoins il a été expliqué en TD plusieurs fois, qu'il fallait affiner la position du start prédit grâce à la position du start prédit chez les homologues. Ceci se fait lors de l'étape du blast et/ou lors de l'alignement multiple. C'est une étape certes délicate, mais qui je le répète a été abordée plusieurs fois en TD.

3/ Je ne comprends pas votre remarque vis à vis de l'arbre dans ce message (malgré la lecture de votre conclusion et les remarques du correcteur). Le score seuil qu'on vous demande de déterminer représente la limite entre séquences subject homologues à votre query et séquences subject non homologues à votre séquence query. Cela n'a rien à voir avec la définition du groupe extérieur et du groupe d'étude. Essayez de reformuler votre question.

4/ Pour le poids moléculaire de la protéine codée par votre ORF, vous pouvez indiquer un poids minimal dans la conclusion, mais dans ce cas vous ne devez pas remplir la case correspondante (elle ne doit être remplie que lorsque le poids moléculaire peut être prédit pour la protéine entière).

5/ "Il faut indiquer les paramètres utilisés pour chaque analyse dans les cadres résultats" cette phrase fait référence au point 1, c'est à dire qu'il faut mentionner les paramètres utilisés dans les cadres de résultats.

6/ Je peux parfaitement comprendre et je veux bien admettre que certains points des corrections puissent être difficiles à comprendre et éventuellement nécessiter des explications plus précises (personne n'est parfait). En effet, nous faisons beaucoup de corrections et il peut arriver que dans quelques cas nos explications manquent de clarté. C'est pourquoi, nous faisons beaucoup d'efforts pour répondre aux demandes de précisions/d'éclaircissements qui nous sont adressées. Cependant, avant d'avancer qu'il y a un problème grave au niveau de la correction (or avoir le sentiment que sa conclusion n'a pas été lue dénote un problème grave), il me semble que la première chose à faire est de réfléchir un peu (comment un correcteur qui n'aurait pas lu votre conclusion attentivement, aurait-il pu faire des remarques précises sur votre travail ?) et de se remettre en question (est-ce que les quelques points qui paraissent obscurs (sur la multitude des remarques qui ont été faites), ne sont pas liés à des problèmes de compréhension de ma part)
Je vous rappelle que les corrections (et plus encore le système de double correction) nous demandent beaucoup de travail et de nous prennent énormément de temps. Nous le faisons avec plaisir car nous pensons que c'est positif du point de vue pédagogique et que cela vous aide à progresser. Cependant lire un commentaire comme celui que vous avez posté me désole.

Cordialement,

Céline Brochier