Bonjour Madame Meglecz,

Mserci beaucoup pour votro réponse!

Si j'ai une Alphaproteine dans le groupe d'étude, après vérification sa similarité est trop faible, du coup on laisse le même nom. Devons nous expliquer la raison pour laquelle elle se trouve dans le groupe d'étude?

Bien cordialement.

Eleonore.

Bonjour Éléonore,

Oui, gardez le nom de la séquence si vous n’avez pas une bonne raison de penser que c’est erroné.
Oui, proposez une hypothèse pour expliquer la présence de(s) séquence(s) dans le groupe où elle(s) ne sont pas censées d’être.

Bon courage,
Emese Meglecz

Bonjour Madame Meglecz,

Merci beaucoup pour votre réponse!

Bien cordialement.

Eléonore Agresta

Bonjour Madame Meglecz,

Si j'explique que j'ai écarté les bacteria: Chlorobia: Chlorobiales en raison du petit nombre de hits qu'elles avaient, est ce une bonne explication?

j'aurais une question à propos d'un groupe d'étude plus large avec des phyla différents puis-je prendre comme groupe d'étude toutes les Proteobacteria et en groupe extérieur  les Nitrosirae?

Dans mon premier arbre je ne comprends pas pourquoi les différents sont groupes sont mélangés pourriez-vous me donner une piste?

Bien cordialement.

Eléonore Agresta

Bonjour Éléonore,

"Si j'explique que j'ai écarté les bacteria: Chlorobia: Chlorobiales en raison du petit nombre de hits qu'elles avaient, est ce une bonne explication?"
C’est un élément important, mais pas tout à fait assez. Examinez plus en détail les séquences de  Chlorobiales pour voir si éventuellement on peut imaginer des erreurs d’assignations taxonomiques.

 

"j'aurais une question à propos d'un groupe d'étude plus large avec des phyla différents puis-je prendre comme groupe d'étude toutes les Proteobacteria et en groupe extérieur  les Nitrosirae?"
Si on part sur l’idée que les Chlorobiales sont écartés, oui le choix de Proteobacteria est raisonnable. Par contre, on ne peut pas prendre que des Nitrosirae comme groupe extérieur.

"Dans mon premier arbre je ne comprends pas pourquoi les différents sont groupes sont mélangés pourriez-vous me donner une piste?"
Vous séquences sont fort similaires et dans l’alignement vous avez de nombreuses positions conservées. Il se peut qu’il n’y ait pas assez d’information pour faire sortir le pattern phylogénétique entre les différents ordres de deltaprotéobateria. Tout ceci est évidemment couplé avec d’autres causes possibles, traité dans le cours.

Bonne continuation,
Emese Meglecz

Bonjour Madame Meglecz,

Merci beaucoup pour votre aide!

Comme groupe extérieur je dois prendre toutes les autres Bacteria.

Bien cordialement.

Eléonore Agresta

 

Bonjour Madame Meglecz,

Je vous prie de bien vouloir m'excuser devenir à nouveau vers vous mais je suis perdu dans l'élargissement du groupe d'étude. Je ne sais pas du tout comment en raciner mon arbre sans me retrouver avec des séquences du groupe externe dans le groupe interne et des séquence du groupe d'étude dans le groupe d'étude.. Ou dois-je encore plus élargir le groupe d'étude? Pourriez-vous m'aider?

Nous devons vous rendre les annotations le 8 juin?

Bien cordialement

Eléonore Agresta

Bonjour Éléonore,

"Je ne sais pas du tout comment en raciner mon arbre sans me retrouver avec des séquences du groupe externe dans le groupe interne et des séquence du groupe d'étude dans le groupe d'étude.. Ou dois-je encore plus élargir le groupe d'étude? Pourriez-vous m'aider?"

Il n’y a pas moyen de complètement séparer les séquences de groupes d’étude et extérieur dans votre cas. Vu le peu de temps qu’il vous reste, vous pouvez travailler avec cet arbre, et proposez des hypothèses qui expliquent cette mauvaise séparation. Sinon, le choix logique est d’élargir encore votre groupe d’étude. Sachant que vous n’allez pas forcément obtenir une très bonne séparation non plus (probablement à cause des Chlorobi) et que vous avez peu de temps, je ne vous pousse pas à le faire.

"Nous devons vous rendre les annotations le 8 juin?"
Le plus tard le 9 le matin.

Courage pour la dernière ligne droite !
Emese Meglecz