Forum "Conclusion"

Thread subject: Arbre

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Arbre
eleonore
17 Apr 2020 10:54
Non evaluated contribution
Bonjour Madame Meglecz,

Mserci beaucoup pour votro réponse!

Si j'ai une Alphaproteine dans le groupe d'étude, après vérification sa similarité est trop faible, du coup on laisse le même nom. Devons nous expliquer la raison pour laquelle elle se trouve dans le groupe d'étude?

Bien cordialement.

Eleonore.
Meglecz19CTES
17 Apr 2020 17:56
Game master

Bonjour Éléonore,


Oui, gardez le nom de la séquence si vous n’avez pas une bonne raison de penser que c’est erroné.
Oui, proposez une hypothèse pour expliquer la présence de(s) séquence(s) dans le groupe où elle(s) ne sont pas censées d’être.

Bon courage,
Emese Meglecz

eleonore
18 Apr 2020 22:37
Non evaluated contribution

Bonjour Madame Meglecz,

Merci beaucoup pour votre réponse!

Bien cordialement.

Eléonore Agresta

eleonore
4 Jun 2020 1:53
Non evaluated contribution

Bonjour Madame Meglecz,

Si j'explique que j'ai écarté les bacteria: Chlorobia: Chlorobiales en raison du petit nombre de hits qu'elles avaient, est ce une bonne explication?

j'aurais une question à propos d'un groupe d'étude plus large avec des phyla différents puis-je prendre comme groupe d'étude toutes les Proteobacteria et en groupe extérieur  les Nitrosirae?

Dans mon premier arbre je ne comprends pas pourquoi les différents sont groupes sont mélangés pourriez-vous me donner une piste?

Bien cordialement.

Eléonore Agresta

Meglecz19CTES
4 Jun 2020 12:10
Game master

Bonjour Éléonore,

"Si j'explique que j'ai écarté les bacteria: Chlorobia: Chlorobiales en raison du petit nombre de hits qu'elles avaient, est ce une bonne explication?"
C’est un élément important, mais pas tout à fait assez. Examinez plus en détail les séquences de  Chlorobiales pour voir si éventuellement on peut imaginer des erreurs d’assignations taxonomiques.

 

"j'aurais une question à propos d'un groupe d'étude plus large avec des phyla différents puis-je prendre comme groupe d'étude toutes les Proteobacteria et en groupe extérieur  les Nitrosirae?"
Si on part sur l’idée que les Chlorobiales sont écartés, oui le choix de Proteobacteria est raisonnable. Par contre, on ne peut pas prendre que des Nitrosirae comme groupe extérieur.


"Dans mon premier arbre je ne comprends pas pourquoi les différents sont groupes sont mélangés pourriez-vous me donner une piste?"
Vous séquences sont fort similaires et dans l’alignement vous avez de nombreuses positions conservées. Il se peut qu’il n’y ait pas assez d’information pour faire sortir le pattern phylogénétique entre les différents ordres de deltaprotéobateria. Tout ceci est évidemment couplé avec d’autres causes possibles, traité dans le cours.


Bonne continuation,
Emese Meglecz

eleonore
5 Jun 2020 12:26
Non evaluated contribution

Bonjour Madame Meglecz,

Merci beaucoup pour votre aide!

Comme groupe extérieur je dois prendre toutes les autres Bacteria.

Bien cordialement.

Eléonore Agresta