Bonjour Madame Meglecz,

Je viens vers vous parce que j'aurais plusieurs questions à vous poser pour la conclusion.

-Groupe d'étude les Deltaprotéobacteria et en groupe extérieur toutes les autres Proteobacteria. En vérifiant les erreurs des bases de données j'ai trouvé des identités d'environ 50%, dans la video vous avez dit que c'était rare de trouver des identités de 90% alors à partir de ces réultats puis-je en déduir une erreur d'annotation dans l'arbre? Pour les séquences que l'on a réctifiées, pouvons nous émettre des hypothèses sur leurs liens avec notre groupe d'étude?

-Pour la construction du deuxième arbre avec la méthode BioNJ j'ai trouvé un arbre presque identique mais avec un branche du groupe extérieur (par la méthode PhyMN qui pourraît être après vérification une Deltaproteobacteria et non une Proteobacteria-Candidatus-Lambdaproteobacteria) qui se retrouve dans le groupe d'étude par la méthode BioNJ. Avec les deux arbres je trouve dans le groupe d'étude deux Epsilonproteobacteria Nautiliale et ma séquence d'étude. Est ce normal de ne pas trouver la même séparation entre les deux groupes en comparant les deux arbres? Pour les Epsilonproteobacteria je pense à une spéciation puisque les Epsilonproteobacteria et Deltaproteobacteria sont toutes deux des Proteobacteria, est ce le bon raisonnement?

Bien cordialement.

Eléonore

Bonjour Éléonore,

« Groupe d'étude les Deltaprotéobacteria et en groupe extérieur toutes les autres Proteobacteria. En vérifiant les erreurs des bases de données j'ai trouvé des identités d'environ 50%, dans la vidéo vous avez dit que c'était rare de trouver des identités de 90% alors à partir de ces résultats puis-je en déduire une erreur d'annotation dans l'arbre? »
Si j’ai bien compris, vous avez un doute sur la taxonomie d’une séquence X. Vous avez vérifié sa fiche, et vous avez trouvé que l’annotation de la séquence X est basée sur une autre séquence que je vais appeler Y. Quand vous comparez des séquences X et Y, il n’y a que 50% identité entre les deux. Ce % identité est assez faible. On ne peut pas dire, que les séquences X et Y viennent probablement du même taxon. Dans l’exemple du vidéo, le % identité état 95% ce qui est très fort, et rend probable que mes deux séquences viennent du même phylum.

« Pour les séquences que l'on a réctifiées, pouvons nous émettre des hypothèses sur leurs liens avec notre groupe d'étude? »
Désolée, je ne comprends pas bien cette question.

« Pour la construction du deuxième arbre avec la méthode BioNJ j'ai trouvé un arbre presque identique mais avec un branche du groupe extérieur (par la méthode PhyMN qui pourraît être après vérification une Deltaproteobacteria et non une Proteobacteria-Candidatus-Lambdaproteobacteria) qui se retrouve dans le groupe d'étude par la méthode BioNJ. » … « Est ce normal de ne pas trouver la même séparation entre les deux groupes en comparant les deux arbres? »

Si vous pensez que la séquence BPC1 est une Deltaproteobacteria, il faut réenraciner votre arbre PhyML et mettre la racine entre les séquences du groupe extérieur (BPGT1, BPHH1, BPBNNu1, BPB1) et les autres. Cela enlève la contradiction apparente entre des deux arbres.

« Avec les deux arbres je trouve dans le groupe d'étude deux Epsilonproteobacteria Nautiliale et ma séquence d'étude » … « Pour les Epsilonproteobacteria je pense à une spéciation puisque les Epsilonproteobacteria et Deltaproteobacteria sont toutes deux des Proteobacteria, est ce le bon raisonnement? »

Si vous avez pris des séquences qui viennent des espèces différentes, alors tous les nœuds de votre arbre sont les spéciations. Il faudrait trouver une autre explication pour la présence des Epsilon proteobactéria dans la branche de Deltaprotéobacteria.

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour Madame Meglecz,

Je reviens ver vous pour l'arbre BioNJ, j'ai vérifié les séquences  Proteobacteria-candidatus-lambdaproteobacteria et la Proteobacteria-Deltaproteobacteria-Myxococcales-E et d'après le faible pourcentage de similaritude, les nons ont l'air excat. Avec cet méthode, la Proteobacteria-candidatus-lambdaproteobacteria se trouve dans mon groupe d'étude et pas avec la méthode PhyML, puis-je choisir de faire mes conclusions qu'avec l'arbre PhyML puisque j'ai des noeuds de robustesse?

Bien cordialement.

Eléonore Agresta

Bonjour Éléonore,

Oui, c’est une bonne idée de se baser essentiellement sur l’arbre PhyML à cause des valeurs de bootstrap. Vous pouvez quand même mentionner qu’il n’y a pas de grande incohérence entre les deux arbres, car la séquence BPC1-Bacteria-Proteobacteria-Candidatus-Lambdaproteobacteria-E-v se trouve en position basale dans le groupe extérieur de l’arbre PhyML et dans le groupe études dans l’arbre NJ.

Bon WE,
Emese Meglecz

Bonjour Madame Meglecz,

Merci beaucoup pour votre réponse.

Bien cordialement.

Eléonore Agresta.