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Forum "Domaines conservés: INTERPRO"

Thread subject: Regroupement de domaines

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Regroupement de domaines
IrigarayA
5 May 2015 0:43
Non evaluated contribution
Bonsoir,

Dans la correction de la séquence, vous avez noté "regrouper les deux domaines répertoriés sous le N° IPR016039". Pouvez vous s'il vous plait m'expliquer si je dois faire une moyenne de la taille des séquences de ces domaines, de leurs e-valeurs ? Comment dois-je les regrouper ?

Je vous remercie d'avance.

Cordialement,

Anaïs Irigaray
B_Wirth15
8 May 2015 15:50
Game master
Bonjour,

alors de mémoire, je pense que j'ai mis cela par rapport à la description des résultats d'interpro, donc par rapport à la description des domaines.
Il faut décrire les domaines identifiés par interpro, donc le nb de résultats identifiés DANS interpro, cad le nb de N° d'accession différents.
Il faut donc décrire le N° d'accession "N° IPR016039" comme un seul domaine :
- Si vous avez plusieurs domaines répertoriés sous ce N° IPR, c'est parce qu'il s'agit du même domaine, répertorié dans des banques d'origine différentes, d'où des variations de la taille du domaine, et donc de sa evalue, en fonction de la banque d'origine.
- Dans ce cas, il faut décrire LE domaine "N° IPR016039", donner sa fonction, et pour les coordonnées et evalue, 2 possibilités :
SOIT vous indiquez que ce domaine est répertorié dans différentes banques d'origine, et vous donnez les coordonnées et evalue de chaque cas;
SOIT plus simplement, vous en choisissez un pour représenter le "N° IPR016039" et vous ne citez que celui-là : par exemple, le plus long et sa e-value, voire même le plus long, et la evalue la plus faible des deux (peu importe, c'est le même N° IPR).

Bon travail,
BW