Forum "Fonctions molÚculaires & Processus biologiques"

Thread subject: Détermination du gène

[ Return to forums ]
Détermination du gène
FranckLea
27 Apr 2015 22:41
Non evaluated contribution
Bonjour,

Nous n'arrivons pas à trouver un gène qui correspondrait à notre putative Peptidase S8/S53.
Nous avons cherché des informations sur Interpro avec le domaine IPR000209, sur Prosite, Pfam etc .. mais la seule information que nous avons pu trouver est que les peptidases S8/S53 sont très spécifiques, notamment sur l'extrémité C-terminale, et donc qu'elles sont presque "uniques" pour chaque genre. Par conséquent, le nom attribué au gène est bien souvent constitué de trois lettres et d'un nombre qui dépendent du genre/espèce où a été séquencé la Peptidase. Dans notre cas, la séquence la plus proche de la notre est une protéine hypothétique qui appartient aux Protéobactéries (nous n'avons pas plus de précision) et en regardant nos arbres nous voyons que le groupe taxonomique le plus probable pour notre séquence serait les Gammaprotéobactéries.
Du coups, nous ne savons pas comment faire pour déterminer le nom d'un gène ..
Si ce n'est pas possible de déterminer le nom, devons-nous expliquer pourquoi et laisser un blanc dans la case "Symbole de Gène" ?

Merci par avance pour vos conseils !
B_Wirth15
30 Apr 2015 14:44
Game master
Bonjour,

pour le nom de gène, il faut regarder le résultat du blast vs SP.
Il faut regarder si vous avez un nom de gène toujours ou souvent conservé.
Si c'est le cas, vous pouvez renseigner un nom de gène, en le justifiant dans la ccl.
Sinon, vous ne pouvez pas renseigner ce champ, ce qui me semble être votre cas.
Dans ce cas aussi, mettez une ou deux phrases pour justifier ce choix.

Bon travail,
BW
FranckLea
30 Apr 2015 21:35
Non evaluated contribution
Bonsoir,

Comment fait-on pour trouver les GO correspondants aux hits du BlastP vs SP ?

Merci d'avance
Léa et Franck
B_Wirth15
6 May 2015 17:44
Game master
Bonjour,

Pour les catégories de GO, commencez par regarder celles proposées par interpro.
Souvent, elles sont très précises, et vous n'avez pas forcément ces catégories dans votre menu déroulant. Pour remonter à une catégorie plus large, cliquez sur le N° du terme GO (Fonction moléculaire OU processus biologique, c'est la même manip à faire), vous ouvrez alors la page correspondante.
Là, cliquez sur l'onglet "ancestor charts", vous avez alors accès à l'arborescence du classement de la séq en catégorie de gene ontology : remonter le long de l'arborescence jusqu'à trouver une catégorie présente dans votre menu déroulant.

A partir du résultat du blast vs SP:
- Cliquez sur le numéro d'accession SP de la séq => vous ouvrez la fiche de séq correspondante au format embl;
- dans cette fiche, cliquez encore une fois sur le même N° d'accession, le N° d'accession de la séq protéique => vous ouvrez ainsi la fiche SP correspondante
==> dans cette fiche SP, vous aurez un champ "fonction" avec les termes GO qui y sont également renseignés.

Bon travail,
BW
LaurieNoemie
6 May 2015 18:26
Non evaluated contribution
Est-ce possible de trouver le terme GO avec un Blastp vs SP non significatif ?

Merci,
LaurieNoemie
LaurieNoemie
6 May 2015 18:27
Non evaluated contribution
Est-ce possible d'avoir le terme GO avec un Blastp vs SP non significatif?

Merci d'avance,
LaurieNoemie
B_Wirth15
6 May 2015 18:38
Game master
NON ! pas du tout ! C'est impossible.
La règle est toujours la même : la prédiction doit se faire avec une séq la plus fiable possible. Il faut donc bien sûr regarder seulement les séq homologues, donc seulement les séq avec une evalue significative.
Regardez seulement les quelques premières séquences de votre liste des résultats de blastP vs SP, à la condition que vous ayez des evalues significatives.
Si les evalues sont trop élevées, donc si vous n'avez pas d'homologues dans la banque SP, ce travail est totalement inutile.

BW