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Forum "Domaines conservés: INTERPRO"

Thread subject: pas d'IPR

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pas d'IPR
Ali_Attaf
28 Oct 2014 16:28
Contribution: Pertinent
Bonjour,

concernant notre recherche de domaine protéique, nous avons trouvé 3 domaines avec des E-value clairement significatives et apparemment impliqués dans la même fonction d'amidophosphoribosyltransferase:
- TIGRFAM        TIGR01134 purF: amidophosphoribosyltransferase avec une E-value        2.0E-112
- PANTHER        PTHR11907:SF0 avec une E-value 1.5E-165
- PANTHER        PTHR11907 avec une E-value 1.5E-165        

Tout d'abord notre soucis porte sur le fait que les 2 domaines "PANTHER" semblent correspondre à 2 fois le même domaine. Ensuite, en vue de leur E-value étant la plus significative et de leur taille étant la plus grande (recouvrant le plus notre ORF), on tendrait à choisir ce domaine pour notre prédiction, toutefois ces domaines "PANTHER" ne présentent pas d'IPR et l'affichage sous forme "graphique" de ces domaines semble bizarre (pas de dénomination, "no IPR" ...) ...
Voici un lien vers l'affichage des résultats sous forme graphique :
http://www.ebi.ac.uk/Tools/services/rest/iprscan5/result/iprscan5-I20141028-150344-0408-94672137-pg/svg

Merci de votre aide.
P_Hingamp14
3 Nov 2014 16:10
Game master
Bonjour,

Le domaine  PANTHER PTHR11907:SF0 est un sous domaine de PANTHER PTHR11907 (c'est à dire réalisé grace à un alignement multiple basé sur un sous ensemble particulier de 40 séquences parmis les 118 séquences à la base du domaine général PANTHER PTHR11907), comme indiqué sur la page suivante (en lien depuis vos résultats):
http://www.pantherdb.org/panther/familyList.do?searchType=basic&fieldName=all&listType=6&fieldValue=PTHR11907

En effet ces domaines sont des "Unintegrated signatures" donc encore non (ou mal) annotés, vous êtes donc bienvenus de les ignorer quand vous avez la chance d'avoir des domaines avec des codes IPR en bonne et due forme (ex IPR005854 "Amidophosphoribosyl transferase" qui semble contenir TIGR01134 donc avec un E-value convainquant).