Forum "Annotathon: généralités, fonctionnement & bugs"

Sujet de discussion: Correction

[ Retour aux forums ]
Correction
meline13
19 May 2012 19:54
Contribution non évaluée
Bonjour,

Nous n'avons pas d'annotation sur la 2ème correction?

Cordialement
B_Wirth_12
20 May 2012 11:43
Maître de jeu
Bonjour,

NON, car c'est la correction finale : vous ne l'améliorez plus après cela.

Bénédicte Wirth
B_Wirth_12
20 May 2012 12:36
Maître de jeu
Re-Bonjour,

Mais pour information :
Correction 2 :
- ORF : Bien
- PM : OK, mais 1 erreur
- Domaine : Bien
- Blast : Manque description des 10 1ers alignements et donc la discusson start/stop, Manque la conclusion et seuil trop élevé (mais soit)
- Rapport taxo : FAUX => groupe d'étude = bactéries, gpe externe = eucaryotes + archaea
Avec le seuil, vous me dites : groupe d'étude = bactéries + eucaryotes (soit)
- multiple : AB-B : Nb d'aa manquant ? cohérent avec blast ?
- phylo : Groupes taxo [bactéries] sur arbre pas pertinent, vous auriez pu etre plus précis. Votre conclusion : origine taxo = bactéries ==> OUI, mais c'est trop vague, car dans votre cas, vous auriez pu faire une assignation taxo plus précise, une 2ème phylogénie resserrée sur les bactéries (groupe d'étude = bactéries, gpe externe = eucaryotes + archaea) : dans ce cas vous auriez pu définir un sous-groupe taxo bactérien et voir d'éventuels HGT.
HGT entre bactéries et eucaryotes : NON, une autre hypothèse ?
- symbole de gène non renseigné, alors que vous pouviez ⇒ pas fait !

bien cordialement,

Bénédicte Wirth