Forum "Annotathon: généralités, fonctionnement & bugs"

Sujet de discussion: Correction

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Correction
Stellathan
18 May 2012 19:10
Contribution non évaluée
Nous avons passé beaucoup de temps sur cette correction pour avoir la même notes ?

Il y a t'il un problème avec cette correction ?! Parce que de la a avoir la même note, on se dit que l'on aurais du prendre aucun temps dessus...

Stellathan
B_Wirth_12
18 May 2012 20:11
Maître de jeu
Tout d'abord, on commence un message par Bonjour, ou Bonsoir !
B_Wirth_12
18 May 2012 20:12
Maître de jeu
Bonsoir,

NON, il n’y a pas de problème avec votre correction, vous avez bien eu « AB », soit 6, à cette 2ème correction. Soit la même note qu’à la 1ère correction.
Une augmentation de la note n’est pas ACQUISE ! Vous pouvez avoir une meilleure note OU la même note si l’amélioration de votre annotation n’est pas considérable. (Une chose est sûre, on ne vous diminue pas la note.)

Malgré des améliorations apportées, il reste encore de nombreuses erreurs dans votre rapport.
- ORF : Mauvaise justification du choix d'ORF et une grossière erreur qui me prouve que vous ne l’avez pas compris : Vous dites qu’il y a un stop entre la position 2 et 20.
- Domaine : la fonction n’est pas développée et pas bien comprise.
- Blast : Mauvaise réponse pour le seuil et donc vous ne sélectionnez pas de séq euK, qui auraient constitué votre groupe externe ! PAS de description des 10 alignements pour la discussion start/stop, c’est trop générique et pas de description du blast vs swissprot.
- Alignement multiple : conclusion « ORF complète en 3' » : pas cohérent avec les résultats de blast et vous n’en discutez pas !
- Phylogénie : elle n'apprend rien, il faudrait ajouter les séq eucaryotes ! D’ailleurs vous dites vous même : « Notre score seuil étant élevé, nous avons voulu savoir si notre séquence pouvait éventuellement appartenir au groupe des eucaryotes pour cela nous avons ajouté d'autre séquence en descendant notre seuil. »
⇒ PS : c’est ce que je vous demandais de faire
« Nous avons pu voir que notre séquence se rattachait aux virus et non pas au groupe externe rajouté (eucaryotes). Nous pouvons donc supposer que notre séquence appartient au groupe des virus. »
⇒ c’est cette phylogénie que je voulais voir ! Car à partir de votre phylogénie, vous ne pouvez rien conclure : Vous ne pouvez même pas conclure que votre séquence appartient au groupe des virus ! cf .pdf sur la phylogénie dans les FAQ.

D’ailleurs, pour votre information, lors de la correction 1, pour votre note, j’ai hésité entre « passable » et « AB », soit entre 5 et 6. J’ai choisi de vous mettre 6, la note la plus haute, pour être sympa, parce que vous m’aviez dit ne pas avoir reçu votre correction 1 avant la date de soumission de cette séquence, la séquence 2.

Enfin, concernant votre remarque dans votre rapport de la séquence 3 :
« Les corrections seront faites en vertes, et pour ne pas oublié, nous n'avions pas eu la correction de la séquence 2 lorsque l'on as rendu cette séquence donc nous avons rétorqué les mêmes erreurs! Hors, nous avons corrigé toute la séquence comme la 1ère (celle que nous avais corrigé Raphael, nous ne comprenons pas pourquoi il y a des différences d'écarts de notation entre vous et lui ... Il n'y a aucun 10/10 avec vous et lui en as mis 5 ! Cela discremine un peu les groupes et nous ne sommes tous pas noté pareil !! »

- « nous n'avions pas eu la correction de la séquence 2 lorsque l'on as rendu cette séquence »
==> et vous n’étiez pas les seuls dans ce cas : Mais vous aviez la correction de la séquence 1 !
« Hors, nous avons corrigé toute la séquence comme la 1ère (celle que nous avais corrigé Raphael, nous ne comprenons pas pourquoi il y a des différences d'écarts de notation entre vous et lui ... »
==> je ne comprends pas de quelle différence de notation vous parlez, puisque vous avez eu « AB », soit 6, pour la séquence corrigée par Raphael ! Où se trouve alors l’écart de notation ??? Il n’y a donc pas tant d’écart que cela ???
- « Il n'y a aucun 10/10 avec vous »
==> Il n’y a effectivement AUCUN 10/10 avec moi, car la note 10 correspond à « parfait ». Mais je ne comprends pas, car Raphael n’a mis aucun 10/10 non plus !!! Peut-être avez-vous confondu avec le niveau de difficulté de la séquence ???

Cordialement,

Bénédicte WIRTH