Bonsoir,

quand on obtient différents cas où il y a des IPR qui eux on doit les mettre dans les différents domaines. Mais, s'il y a des résultats sur des autres sources, par exemple subfamilly ou PROSITE, doit-on le mettre aussi dans des domaines ou ne doit on pas s'en pré-occuper ?

Cordialement, Stellathan

Salut Stellathan,

Il me semble qu'elle t'as dit en fin de cours, que tu clic sur le lien d'une des sources hors IPR, et tu cherches les données dont tu as besoin. Tu ne prend qu'une des deux (je ne sais plus comment on choisit). Dans le volet à droite tu met quand même INTERPRO.

Mais sans aucunes certitudes.

Bonjour Stellathan,

Il doit manquer une partie dans votre message, je ne suis pas sûre d'avoir tout compris.

Je rappelle le principe général :
- La recherche de domaines protéiques conservés dans InterPro peut entraîner la détection de plusieurs entrées IPR et une ou plusieurs entrées NoIPR.
Dans ce cas, vous mentionnez simplement l'entrée NoIPR, mais comme vous avez des entrées IPR, vous vous focalisez sur ces entrées IPR, et ce sont ces entrées IPR que vous décrivez et analysez.

- Dans le cas où vous n'obtenez qu'une seule entrée, NoIPR (comme c'est le cas pour vous), vous l'analysez, puisque vous n'avez pas d'autres résultats.

Rappel : cf FAQ : "un domaine InterPro (p.ex. IPR000165) correspond à un ou plusieurs domaines issus d'autres banques de données (ici PR00736 issu de PRINTS et PS00820 issu de PROSITE)"
=> Les N° d'accession dans les autres banques sont à gauche : cliquez dessus, vous arrivez directement sur la page de ce domaine dans la banque correspondante. Il ne vous reste plus qu'à lire ces pages, pour obtenir un max d'information sur ces domaines.

- Pour remplir le tableau "Domaines", relisez-bien les "règles du jeu", paragraphe Domaines protéiques. Pensez-vous avoir 2 domaines différents, distincts, sur votre protéine ? Ou un seul domaine ?

- Enfin, lorsque vous obtenez "No Hits" avec InterPro, ou un seul résultat "NoIPR", cad non intégré dans InterPro, vous devez également faire l'analyse dans la banque Prosite (cf lien dans les règles du jeu), et dans la banque Pfam (le lien dans les règles du jeu ne fonctionne pas).
Vous trouverez la banque Pfam sur le lien : http://pfam.sanger.ac.uk/
=> Sequence search

Bon travail,
Bénédicte

Suite :
Pour remplir le tableau "Domaines", il faudra confronter vos résultats "NoIPR", Pfam et Prosite, pour trouver le ou les domaines les plus significatifs.

Bénédicte

Bonjour,

je vous remercie, vous avez répondu à ma question même si elle n'était pas très claire..

Merci, Stellathan