Pouvons nous utiliser uniquement le Blastp vs swissprot si les score sont significatifs ( supérieur à 200 avec de faible E-value) sans devoir faire de blastp vs NR?

Merci

Bonjour,

Non vous ne pouvez pas faire ça, car en vue de l'analyse phylogénétique, vous devez identifier l'ensemble des homologues connus pour votre séquence. Or la banque swissprot est bien moins complète que nr.

Cordialement

Céline brochier

Merci bien :)

Bonsoir
j'ai une séquence sur laquelle je n'ai pas de domaine. Suite à mon blastP je n'obtient que 7 séqucences  qui proviennent de bactéries aucaryotes et protéobactéries. Mon meilleur score et de 35 et ma meilleure e-value de 1,5
Est-ce suffisant pour en conclure que les séqeunces trouvées ne sont pas des homologues et pour dire que mon ORF n'est pas codon
Merci

Bonsoir,

Voila le genre de question où il est impossible de répondre. Nous avons bien expliqué en cours et en TD que vous ne pouvez pas décider si des séquences sont homologues ou non sans voir l'alignement multiple correspondant.

Vu la e-value il est possible que les séquences soient non homologues, mais ce n'est pas sur sans regarder l'alignement.

Par ailleurs pour conclure que votre fragment d'ADN est non codant, vous devez être sur qu'aucune des ORFs détectées par ORF finder ne code pour une protéine (dans ce cas vous devez faire un blastX sur nr en utilisant toute votre séquence d'ADN.

Bonne continuation

Céline Brochier

Bonsoir
je vien de faire un blast contre la banque environnementale et je n'obtiens que des taxons [marine metagenome]. je ne sais pas à quoi cela correcpond de plus ma meilleure e-value est de 2e-130
Merci de votre aide

les [marine metagenome] correspondent à des séquences non annotées, on retrouve souvent notre séquence lorsqu'on fait ce blast (100% d'identité et une e-value très faible)

Bonjour,

Les séquences présentes sur la banque environementale sont des séquences issues d'étude métagénomique, comme celle qui a permis d'isoler les séquence que vous devez annoter.
Ces séquences peuvent être annotée. Mais le principe de la métagénomique fait qu'on ne sait pas de quel organismes elles proviennent. C'est pourquoi elles apparaissent avec un groupe s'appelant [marine métagénome], ce qui signifie littéralement, séquence provenant d'un métagénome marin.
C'est pourquoi en général, vous retrouvez votre séquence dans cette banque.
Si vous ne trouvez des homologues à votre séquence que dans cette banque, vous devez les utiliser pour faire une étude, mais il est vrai que vous n'aurez pas d'information claire sur l'origine taxonomique de votre séquence.

MSdu83, merci de votre réponse, mais attention, la caractéristique de ces séquences ne sont pas leur non annotation.

Bonne annotation.

C. Petitjean

Bonjour, je travaille sur ma séquence à présenter et j'ai un soucy auniveau du blast, je ne distingue aucune cassure, les e-values sont relativement élevées et quand on regarde les séquences deux à deux les identités n'excèdent pas 35%. Comment puis-je faire pour déterminer mon score seuil?

Bonjour,

Cette question a déjà été abordée plusieurs fois dans d'autres discussions de ce même sous forum.
Je vous invite donc à les parcourir, et à essayer différentes possibilités!

Bonne annotation.

C. Petitjean