Bonjour
Nous sommes le bînome laura dunet-Audrey Gerstel
Nous souhaitons vous poser une question au sujet de la position du codon d'initiation.Suite à notre première correction nous avons eu la remarque suivante:
-"Donc notre codant start se trouve surement en aval dans la séquence. " oui, mais alors corrigez la position de début de votre ORF pour qu'elle paraisse complète en 5'!

Donc nous nous demandons si cela signifie que nous devons remplir la case "début de séquence" avec le nouveau codon d'initiation trouvé avec l'analyse ORF finder "atg".
Si c'est le cas est-ce que toute la suite de l'analyse doit être effectué avec cette traduction ou devons nous utiliser la traduction précèdente.

Merci d'avance pour votre réponse

Bonjour,

Vous devez effectivement compléter la case indiquant la position de début de votre ORF en 5'.
Normalement vous avez du vous apercevoir que votre 5' était mal défini au plus tard lors de la réalisation de l'alignement multiple. En conséquence vous auriez du immédiatement redéfinir la position de votre codon start  et faire les analyses phylogénétique en conséquence.
A ce stade en toute logique vous devriez refaire les analyses phylogénétiques. Maintenant comme la séquence de l'ORF que vous avez utilisée est plus grande que celles des homologues, l'appendice en excès va être retiré par Gblocks, donc les arbres résultants ne devraient pas être trop affectés. L'inverse (cad utiliser une séquence trop courte) est plus problématique.

Cordialement,

Céline Brochier

Tout d'abord merci d'avoir répondu aussi vite à ma question.
Donc quand vous dites: "Maintenant comme la séquence de l'ORF que vous avez utilisée est plus grande que celles des homologues, l'appendice en excès va être retiré par Gblocks, donc les arbres résultants ne devraient pas être trop affectés"; cela signifie t-il que nous devons refaire tout le travail à partir du blast? ou on précise juste qu'on a trouvé le codon d'initiation de notre orf et on refait juste les alignements multiples?

cordialement Audrey Gerstel

La décision vous appartient, mais peute faut-il mieux vérifier? Dans ce cas regardez combien de positions vont être conservées par glocks avec l'alignement multiple effectuer avec l'ORF correctement définie. Si ce nombre de positions est du même ordre que dans votre première analyse, précisiez le et gardez vos premiers résultats. Si cela change de manière significative, alors il vaut mieux refaire les arbres.

Céline Brochier