Bonjour, 

Nous avons plusieurs problèmes et on aimerait savoir si ces problèmes peuvent être arranger ou faut-il changer d'ORF, ce que nous vous avions proposés il y a 2 semaines.

Au niveau de l'arbre, nous avons du faire plusieurs choix de groupes d'études et groupe externe. Vous nous aviez demandé de le refaire avec cette fois ci 5000 séquences et une e-value de 0,05. Suite à cela nous avons eu plusieurs choix:

• groupe étude: LUCA;Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria
• groupe externe: 

  LUCA;Bacteria;Proteobacteria;Alphaproteobacteria

•  

  groupe étude :

  LUCA;Bacteria;Bacteroidetes; Flavobacteriia 

• groupe externe : 

  LUCA;Bacteria;Bacteroidetes; Cytophagia

• groupe étude : 

  LUCA;Bacteria;Cyanobacteria;Cyanophyceae

• groupe externe : 

  LUCA;Bacteria;Cyanobacteria;Adonisia

Malgré tout ces choix nous avions toujours le même problème au niveau des arbres: un mélange entre groupe externe et groupe étude.

Je vous montre ceci sur un seul arbre: 

Ce qui nous empêche donc de faire un enracinement correcte. Et dans le premier annotathon, j'ai pu comprendre qu'on ne pouvait pas prendre deux groupes d'études avec 2 différences comme par exemple: LUCA;Bacteria;Spirochaetes; Spirochaetia et LUCA;Bacteria;Proteobacteria;Gammaproteobacteria. Et qu'il fallait plutôt prendre 2 groupes étude et externe avec une seule difference( le dernier ordre). Est ce exact? 

On a tout de même essayer avec deux groupes ayant 2 ordre différent : LUCA; Bacteria;Spirochaetes:Spirochaetia et LUCA:Bacteria:Cyanobacteria:Cyanophyceae 

Nous avons eu cet arbre qui est beaucoup plus correct puisqu'il y a une bonne séparation entre groupe étude et groupe externe et une bonne intégration de l'ORF. 

Le problème maintenant c'est l'alignement au format ClustalW ( disponible sur notre partie alignement; résultats bruts), en le comparant un peu avec celui de notre ancien ORF je trouve que l'alignement n'est pas de bonne qualité et les zones annotés d'un signe de conservation sont minimes et très éparpillés. 

Pourriez vous s'il vous plait nous indiquer si notre choix de groupes est correct? si l'alignement est analysable? ou sinon faut-il qu'on change d'ORF? 

Merci par avance!

AIT EL MOUMEN Manal

SMATA Anfel