J'ai aussi deux question en ce qui concerne l'alignement multiple.

D'après l'outil SMS ORFinder, l'ORF est complet en 5' cependant sur l'alignement ClustalO ou Gblocks il n'y a pas de méthionine sur les 60 premiers acides aminés qui est pourtant retrouvé chez tous les homologues en position 13.

En sachant que la recherche d'ORF se fait entre deux codons STOP et que le paramètre qui a été utilisé est "any codon".

J'aimerais savoir si dans ce cas il soit possible que le codon START soit un codon alternatif (valine, leucine ou isoleucine) ?

Si c'est le cas, il y a bien 3 valines sur les 13 premiers acides aminés de la séquence de l'ORF.

Est que dans ce cas, le codon START est la valine qui est la plus proche de la position (13) de la méthionine sur les séquences des homologues ?

Aussi, Je n'ai pas bien saisi de quel manière vous voulez qu'on annote l'alignement. 

Est qu'il faut annoter des positions avec des lettres (A,B...) sur l'alignement ClustalO dans les résultats brut et les citer dans son analyse ou alors il faut faire une légende avec des lettres avant le début de son analyse et associée des motifs et positions de l'alignement ? 

Merci.

Amine Bendjama.

Bonjour,

D'après l'outil SMS ORFinder, l'ORF est complet en 5' 

Oui, avec le paramètre Any codon, donc ce n'est effectivement pas forcément un codon start qui démarre votre ORF.

méthionine sur les 60 premiers acides aminés qui est pourtant retrouvé chez tous les homologues en position 13.

Oui, vous avez effectivement une Lys qui s'aligne parfaitement avec ces Met...

Le codon lys n'étant a priori pas un codon start alternatif, vous pouvez donc effectivement avoir un start alternatif quelque part en amont ou en aval. Vu que l'alignement est très bon dès le motif SGTL, on peut donc supposer en amont.

Est que dans ce cas, le codon START est la valine qui est la plus proche de la position (13) de la méthionine sur les séquences des homologues ?

Oui c'est une hypothèse.

Est qu'il faut annoter des positions avec des lettres (A,B...) sur l'alignement ClustalO dans les résultats brut et les citer dans son analyse

Oui, tout à fait, c'est cela. C'est pour faire référence plus facilement à ces régions que vous décrivez.

Vous indiquez des flèches <=========A==========> en dessous d'une région qui présente des conservations (*, :, .)

Ces blocs peuvent être plus ou moins larges, il n'y a pas de solution juste ou fausse.

C'est à vous de voir si vous définissez que des blocs courts très conservés, ou des blocs plus larges qui peuvent inclure des régions un peu moins conservées.

Il faut ensuite mettre ces régions en lien avec les domaines interpro que vous avez détectés.

Et si dans interpro ou ds SP vous trouvez des infos sur des motifs ou aa importants pour la fonction, il faut les rechercher aussi sur l'alignement.

Bon travail,

BW