Bonjour Madame,

Je vous remercie pour les précisions que vous m'avez apporté.

J'ai écouté vos conseils et j'ai refait un groupe d'étude de manière à ce qu'il soit monophylétique (Rhizobium/Agrobacterium group) et de même pour me groupe externe (Ciceribacter).

Pour l'arbre 1 (méthode PhyML) et 2 (Méthode BioNJ), l'ORF hémerge bien dans le groupe Rhizobium/Agrobacterium group même si on retrouve 2 à 3 séquence du groupe d'étude dans le groupe externe Ciceribacter. Cependant pour l'arbre 2 (méthode de distance), la séquence hémerge aussi chez le groupe Rhizobium/Agrobacterium group mais le groupe externe Ciceribacter se trouve au milieu de l'arbre ce qui séparer le groupe d'étude en 2. Au départ je pensais que c'était un défaut d'enracinement de l'arbre mais j'ai beau essayé de reroot, l'arbre le mieux enraciné que j'obtiens avec cette méthode est celui présent dans mes résultats. De ce fait je voulais savoir si dans ce cas là, je pouvais aussi expliquer ce résultat par des phénomènes de duplication/transfert horizontaux de gènes et par leur proximité taxonomique en sachant qu'ils appartiennent à la même famille ?

J'aimerais savoir si le nombre de séquences pour le groupe externe n'était pas trop bas ?

En effet, le blastreports n'en propose que 10 et je n'ai pas d'autre groupe externe dans la même famille avec assez de séquences.

Merci de l'attention que vous m'accordez.

Cordialement.

Amine Bendjama.

Bonjour,

Alors, vous avez vu sur lifemap, vous avez bien dans la famille des Rhizobiaceae, le groupe des Rhizobium/Agrobacterium sur une seule branche, et les ciceribacter sur une branche différente.

=> Le groupe des ciceribacter est donc bien de même niveau taxo que le groupe des Rhizobium/Agrobacterium.

=> Bon choix de groupe externe.

 

L'arbre N°1 (PhyML) ne me semble pas correctement enraciné...

Avez-vous bien utilisé l'option reroot sur cet arbre également ?

Normalement, après enracinement, vous avez une séparation dichotomique :

GE sur une branche, et ce que vous avez sorti en outgroup, sur une 2eme branche.

 

Vous avez 2 séq bleues (RRRR5 et 7) ds le groupe rose => ca ressemble bien à du transfert horizontal, il faudra el mentionner ds le paragraphe 2, congruence avec taxo de réf.

 

L'ORF étudié émerge bien ds le GE => donc vous pouvez conclure à appartenance au groupe des Rhizobium/Agrobacterium.

MAIS ==> La cohérence avec l'arbre des espèces ("arbre de la vie") ne se limite pas à la séparation du groupe d'étude et du groupe extérieur: tous les niveaux taxonomiques doivent être monophylétiques

==> il faut donc également vérifier si les différents genres dans le groupe des Rhizobium/Agrobacterium forment aussi des groupes monophylétiques sur vos arbres. Il faut donc repérer les séq correspondantes et les coloriser différemment.

==> Mettez le même arbre une 2e fois, avec un code couleur différent => une couleur par genre, pour vérifier si les genres forment des groupes monophylétiques (au moins 3 séq pour pouvoir conclure à un groupe monophylétique) ou si tout est mélangé.

==> si vous repérez des groupes monophylétiques différents, et que l'ORF émerge dans l'un d'eux, vous pouvez même être plus précis sur l'appartenance taxo de l'ORF étudié.

 

Arbre N° 2 n'est effectivement pas enraciné.

Arbre N° 3 est enraciné correctement => cf séparation dichotomique

 

sur l'arbre de distance,

- vous retrouvez les seq (RRRR5 et 7) ds le groupe rose

=> confirme le transfert horizontal

- vous avez 2 séq en plus ds le groupe externe

=> là c'est une incohérence liée aux 2 méthodes de reconstruction utilisées, les deux racontent des histoires différentes ici.

==> à mettre ds paragraphe 1.

==> ce n'est pas lié à un événement évolutif mais à la méthode de reconstruction utilisée.

==> Regardez s'il y a encore d'autres différences de regroupements entre les deux arbres.

 

J'aimerais savoir si le nombre de séquences pour le groupe externe n'était pas trop bas ?

En effet, le blastreports n'en propose que 10 

==> NON, vous n'en avez pas plus, et votre groupe externe est cohérent. Ca ira.

 

je réponds aux autres questions dès que j'ai un peu de temps.

Bon travail,

BW