Bonjour,
la réponse à ce point est dans la correction de votre rapport, cf paragraphe Phylogénie.
cf :
- "Gammaproteobacteria, plus précisément dans la zone correspondant aux Pseudomonadales." ==> NON visible sur arbre, et vous n'en discutez pas.
- "appartenant à l’ordre des Pseudomonadales."
==> pour pouvoir conclure cela, il faudrait que l'ORF soit inclus ds l'ordre des pseudo-, est-ce le cas ??? je ne le vois pas sur l'arbre, ce n'est pas clairement montré sur l'arbre !
==> sur l'arbre votre groupe d'étude est Gamma- et l'ORF étudié est inclus ds les gamma- => donc la conclusion est gamma.
==> La cohérence avec l'arbre des espèces ("arbre de la vie") ne se limite pas à la séparation du groupe d'étude et du groupe extérieur: tous les niveaux taxonomiques doivent être monophylétiques
==> Donc les différents ordres des gamma-, dont les Pseudomonadales ou les moraxellales devraient aussi être monophylétiques => est-ce le cas ? Ce n'est pas visible sur l'arbre, et vous ne le discutez pas.
==> Si vous avez des groupes monophylétiques Pseudomonadales ou moraxellales, et que l'ORF émerge dans un tel groupe, alors on peut conclure plus précisément son appartenance, oui !
==> MAIS vous ne l'avez pas discuté, ni démontré sur les arbres. Ce que je vois sur vos arbre c'est : appartenance gamma-
Taxonomie:
Pseudomonadales ==> à revoir
Et je rajouterai ici, que vous ne pouvez en aucun cas conclure sur l'appartenance taxonomique de votre séquence sur la base de l'homologue le plus proche seulement, sur la base d'une seule séquence seulement.
Pour conclure sur l'appartenance taxonomique de votre séquence, il faut que celle-ci émerge au sein d'un groupe monophylétique.
Et d'après les consignes données en TP, pour pouvoir parler de sous-groupes monophylétiques sur vos arbres :
- il faut un minimum de 3 séquences ayant la même appartenance taxonomique,
- et au moins 90% de séquences ayant la même appartenance taxonomique (en cas de mélanges dans les groupes).
Donc, dans une hypothèse comme dans l'autre (Pseudomonadales ou Moraxellales), aucune de ces hypothèses n'est valable, puisque vous n'avez qu'une seule séquence de chaque (une séq de Pseudomonadales et une séq de Moraxellales) dans votre sélection de séquences.
Par contre, votre séquence étudiée émerge dans le groupe monophylétique plus large des gamma-, qui devrait donc être votre conclusion sur l'origine taxonomique de votre séquence.
Bien cordialement,
BW