Bonjour,

On est en train de choisir notre groupe externe.

Récapitulatif du tableau 5, qu'on a fait a la main ☺ : 

Proteobacteria => 24 hits (notre groupe interne, avec une petite e-value)

Actinobacteria => 4 hits

Cyanobacteria => 1 hit

Desulfoacterota => 2 hits

Firmicutes => 2 hits

En termes de proportion, si le groupe interne Proteobacteria (2/3) = 24 hits

Alors, normalement notre groupe externe devrait etre de (1/3) = 12 hits, mais on a pas ~12 dans les autres phylum.

Comment peut-on alors procéder a la selection du groupe externe ?

Merci d'avance,

Bonjour,

Si le nombre de séquences disponibles pour constituer le groupe externe est limité, il faut prendre toutes les séquences dont vous êtes sur de l'homologie.

Par contre, cela pose la question suivante : "pourquoi cette protéine (et ses homologues) ont une distribution taxonomique aussi restreinte, alors que des centaines / milliers de génomes de Cyanobacteria, Actinobacteria, and Firmicutes ont été séquencés".

1) Est-ce que l'enzyme était présente dans l'ancêtre de ces groupes, cad dans l'ancêtre de toutes les bactéries ? si oui alors cela signifie que le gène qui la code a été perdu dans tous les génomes séquencés, à l'exception des quelques espèces chez qui vous avez identifié des homologues ?

ou

2) Est-ce que le gène était absent chez l'ancêtre des bactéries, ce qui signifie qu'il est apparu plus récemment au cours de l'évolution dans l'un des groupes bactérien, et qu'il a été transféré horizontalement vers les organismes chez qui on observe des homologues aujourd'hui. Dans ce cas là, il est probable que ces séquences ne puissent pas être considérées comme un groupe extérieur pertinent pour l'analyse phylogénétique. Nous pourrons discuter de ce point de vive voix.

Bon courage pour la dernière ligne droite,

Céline Brochier