Bonjour, 

 

Il y a un point que je n'arrive pas à éclaircir avec mon binome concernant le choix du groupe interne et externe.

Après avoir réalisé le tableau taxonomique des homologues identifiés par blastp (tableau 5), nous devons choisir un groupe externe en fonction de notre groupe interne mais est-ce que les 2 groupes peuvent être du même ordre ? ou bien devons nous remonter plus haut et choisir deux groupes d'odres différents, de classes différentes etc ? 

Je n'arrive pas à bien définir les critères pour faire les choix de ces groupes même en relisant les règles du jeu.

 

Vous remerciant par avance

Bonjour,

Je ne suis pas sure de bien comprendre ce que vous voulez dire par "du même ordre". En coursn je vous ai expliqué que le groupe extérieur devait être choisi relativement au groupe d'étude. Pour illustrer ce point, j'ai pris l'exemple des primates. Si le groupe d'étude est les primates, alors le groupe extérieur pourrait être des représentants d'autres groupes de mammifères. Le deuxième exemple que concernait les Thermotogae, un phylum bactérien. Dans ce cas un groupe extérieur pertinent pourrait être des représentants d'autres phyla bactériens.

Pour vous aider, vous pouvez utiliser la banque de donénes taxonomique du NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy). 

Par exemple, si vous définissez les Cyanobacteriota comme groupe d'étude, vous pouvez chercher Cyanobacteriota sur ce site. Vous verez quelque chose dans ce style : 

 

 

Cela vous indique que les Cyanobacteriota font partie du groupe des Cyanobacteriota/Melainabacteria. En cliquant sur Melainabacteria group, vous pourrez voir les lignées qui composent ce groupe, à savoir 

 

 

 

C'est parmi ces groupes (hormis les Cyanobacteriota) qu'il faudra choisir les représentants du groupe extérieur.

Si il n'y en a pas dans votre liste d'homologues, il faudra remonter d'un cran et cliquer sur Bacillati et regarder si dans votre liste d'homologues, il y a des Bacillati (autres que les représentants des Cyanobacteriota/Melanabacteria group)....

 

J'espère que ces indications vous seront utiles.

Bon courage pour la dernière ligne droite.

 

Céline Brochier

 

 

 

 

Donc mes deux groupes (externes/internes) peuvent etre deux classes différentes du même phylum ou il faut que ce soit deux phylums du même règne ? 

 

En fait ma question concerne plus une question de "hiérarchie", c'est-a-dire que je ne sais pas vraiment jusqu'où je dois remonter 

Donc mes deux groupes (externes/internes) peuvent etre deux classes différentes du même phylum ou il faut que ce soit deux phylums du même règne ? 

 

En fait ma question concerne plus une question de "hiérarchie", c'est-a-dire que je ne sais pas vraiment jusqu'où je dois remonter 

 

Bonjour,

Si votre groupe d'étude est un classe au sein d'un phylum, alors le groupe extérieur doit être constitué de représentants des autres classes au sein de ce phylum.

Si votre groupe d'étude est un phylum au sein d'un domaine, alors le groupe extérieur doit être constitué de représentants des autres phylums au sein de ce domaine ...

Cordialement,

Céline Brochier