Bonjour,

On a pas trouvé de domaine functionel sur Interpro.
Pour la recherche des homologues on a utilisé la base de données nr (car dans Swissprot il y avait 1 seul homologue et dans RefSeq 0),

concernant le seuil de la e-value il était innexistant. On a un mélange entre les homologues / partiellement homologues / non homologues.

Maintenant on est à l'étape du BLAST taxonomic repport.

Sur le site https://annotathon.org/outils/blast_tax_report3.php il est demandé de chosir entre

RefSeq et UniRef90, et que (WARNING: the NCBI NR database is not supported by this version of the Tax Report tool).

Comment peut-on faire pour utiliser le Taxonomy List ?

Bonjour,

Dans ce cas il n'y a pas de possibilité d'utiliser les outils de mise en forme de l'annotathon. Ce n'est pas très grave, vous pouvez sélectionner les séquences directement à partir de la page de description des résultats du blast (cocher les séquences d'intérêt et cliquer sur download -> complete  fasta sequences).

Pour générer le tableau résumant la taxonomie, il faudra le faire à la main, mais ce n'est pas très compliqué. Jusqu'à très récemment les outils de mise en forme implémentés dans l'annotathon n'existaient pas et tout se faisait à la main.

Bonne continuation

Céline Brochier