Bonjour madame,je suis junior à Wut-Amu,voici ma question : Comme le montre la figure 1, les clostridiles de notre origine taxonomique des BLAST appartiennent à l’ordre, mais les clostridiles trouvés dans l’arbre phylogénétique appartiennent tous à des espèces（la figure 2）, et le lachnospirale, qui n’appartient pas à l’ordre, mais à la famille sous l’ordre des eubactéries（la figure 3）. Est-ce la bonne situation ? De quelle manière devrions-nous analyser la différence entre l’arbre que nous obtenons et l’arbre phylogénétique ?

figure 1

figure 2

figure 3

Bonjour,

 

Je ne suis pas sûre de bien comprendre votre question.

 

 Comme le montre la figure 1, les clostridiles de notre origine taxonomique des BLAST appartiennent à l’ordre, mais les clostridiles trouvés dans l’arbre phylogénétique appartiennent tous à des espèces（la figure 2）, et le lachnospirale, qui n’appartient pas à l’ordre, mais à la famille sous l’ordre des eubactéries（la figure 3）. 

 

Règne => Phylum => Classe => Ordre => Famille => Genre => Espèce

Ce sont des groupes taxonomiques, des niveaux de classification, de plus en plus précis. Le niveau le plus précis étant l'espèce !

Les autres niveaux sont des groupes plus ou moins grands, plus ou moins précis contenant plusieurs espèces différentes.

Un genre donné contient plusieurs espèces différentes.

Une famille donnée, contient plusieurs genres différents, et donc des espèces différentes.

 

Vous devez sélectionner un groupe d'étude et un groupe externe, le niveau de ce groupe dépend de votre travail, mais dans chacun de ces groupes, chaque séquence choisie sera issue d'une espèce différente.

 

Sur l'arbre phylogénétique, chaque feuille de l'arbre correspond donc à une séquence provenant d'une espèce donnée, mais ces espèces appartiennent toutes, soit à votre groupe d'étude, soit à votre groupe externe.

 

Ai-je répondu à votre question ?

 

Est-ce la bonne situation ?

D'après votre table, les choix de groupes me paraissent justes :

- groupe d'étude : ordre des clostridiales (e-value la plus faible dans ce groupe + nombreuses séq)

- groupe externe : ordre des lachnospirales (c'est le même niveau taxonomique que le groupe d'étude).

 

Pour le groupe d'étude, comme vous avez beaucoup de séq (181) : est-ce que vous pourriez être plus précis ?

Est-ce que vous avez plusieurs familles différentes dans l'ordre des clostridiales ?

Et est-ce que vous pourriez vous focaliser sur une famille donnée (suffisamment de séq pour former le groupe d'étude (environ 30) et e-value plus faible dans cette famille par rapport aux autres familles de clostridiales) ?

 

De quelle manière devrions-nous analyser la différence entre l’arbre que nous obtenons et l’arbre phylogénétique ?

2. Cohérence avec la phylogénie des espèces de référence
    -> Les groupes d'étude et extérieurs sont-ils bien séparés ?

==> est-ce que vous séparez bien le groupe d'étude clostridiales du groupe externe lachnospirales ?
(C'est ce que l'on attend d'après la phylogénie de référence.)
Ou y-a-t'il des mélanges ? Des séq du groupe externe dans le groupe d'étude et/ou inversement.

​==> Si dans le groupe d'étude clostridiales vous avez plusieurs familles, chaque famille constitue-t'elle un groupe monophylétique sur l'arbre ?
(C'est ce que l'on attend d'après la phylogénie de référence.)

==> Si c'est bien le cas : -> vos arbres phylogénétiques de gènes sont cohérents avec les arbres des espèces ("arbre de la vie") 
==> Si ce n'est pas le cas, s'il y a des mélanges, alors : -> repérez tout écart avec la phylogénie de référence, et proposez des hypothèses (HGT, duplication de gènes...)

Bien cordialement,

et bon travail,

Bénédicte WIRTH