Bonjour,Madame.je suis etudiant de l'institut WUT-AMU.j'ai une question sur identifier la duplication de genes dans l'arbres phylogénique.
Comment on peut identifier ce événement dans l'arbre qu'on obtient par phylogeny?qu'est ce que les caratéristiques concernant la duplication de gènes dans un arbre ?j'ai du mai à le trouver...
la photo est l'un de notre arbre si vous avez besion de expliquer avec ça.

Bonjour,

votre question porte sur le paragraphe 2. Cohérence avec la phylogénie des espèces de référence  

-> Les groupes d'étude et extérieurs sont-ils bien séparés?

==> C'est effectivement votre cas, vos deux groupes, étude et externe, sont bien séparés.

Dans vos arbres, vous séparez bien le groupe d'étude "Pasteurellales" du groupe externe "gamma- autres que pasteurellales".

Il n'y a pas de mélange de séquences entre vos deux groupes.

Remarque : Par contre, précisez bien vos deux groupes, GE = "Pasteurellales" et groupe externe =  "gamma- autres que pasteurellales", dans la légende des arbres dans le paragraphe phylogénie.

-> vos arbres phylogénétiques de gènes sont-ils cohérents avec les arbres des espèces ("arbre de la vie")?

Par conséquent, vos arbres phylogénétiques sont effectivement cohérents l'arbre des espèces.

Vous avez bien un GE "Pasteurellales" (voire même "Pasteurellaceae", car vous n'avez QUE des séquences de la famille des "Pasteurellaceae") monophylétique, car il n'y a pas de séquence NON "Pasteurellales" dans ce groupe. Ce groupe monophylétique est donc cohérent avec la taxonomie de référence.

Le groupe externe "gamma- autres que pasteurellales" est bien séparé aussi, et il n'y a pas non plus de mélange de séquences dans ce groupe, c'est-à-dire qu'il n'y a pas de séquence  de "Pasteurellales" dans le groupe externe.

Par contre, vous avez plusieurs ordres dans le groupe externe => Vibrionales,Enterobacterales,Gallaecimonas.

Or, la cohérence avec l'arbre des espèces ("arbre de la vie") ne se limite pas à la séparation du groupe d'étude et du groupe extérieur: tous les niveaux taxonomiques doivent être regroupés...

Il faut donc aussi regarder si vos différents ordres (Vibrionales,Enterobacterales,Gallaecimonas) forment eux aussi des groupes monophylétiques.

==> C'est le cas pour Vibrionales et Enterobacterales (même si que 2 séquence).

==> Une seule séq de Gallaecimonas, donc difficile de dire qu'il s'agit d'un groupe monophylétique, mais dans tous les cas, cette séquence n'est pas mélangée avec les 2 autres ordres, donc semble cohérent avec la taxonomie de référence.

-> repérez tout écart avec la phylogénie de référence, et proposez des hypothèses (HGT, duplication de gènes...)

Parfois, on peut observer des mélanges de séquences entre GE et externe.

C'est-à-dire une ou des séquences du GE qui se retrouvent dan le groupe externe, et inversement.

Dans ce cas, il y a des incohérences, des écart avec la phylogénie de référence, et dans ce cas, il faut expliquer ces incohérences, qui sont dues à des événements évolutifs (soit à des transferts horizontaux de gènes HGT, soit à des duplication de gènes).

Dans votre cas, vous n'avez pas d'incohérence par rapport à la taxonomie de référence, donc vous n'avez ni HGT, ni duplication.

Bien cordialement,

et bon travail,

Bénédicte WIRTH