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Forum "Recherche d'ORF"

Thread subject: ORF finding

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ORF finding
merlishhh
12 Feb 2024 16:57
Non evaluated contribution
  Taille (nt) Taille (aa) Brin Position début Position fin ORF complet en 5' ORF complet en 3' Nb d'alignement BLAST NR EV<1E-10 Classification des ORF
ORF1 243 80 direct 112 354 complet complet 0 "Faux positif"
ORF2 156 51 direct 514 669 complet complet 0 "Faux positif"
ORF3 186 61 direct 670 855 complet complet 0 "Faux positif"
ORF4 186 61 direct 1192 1377 complet complet 0 "Faux positif"
ORF5 1407 468 direct <3 >1409 incomplet complet >5000 "Known"
ORF6 177 58 reverse 10 186 complet complet 0 "Faux positif"
ORF7 156 51 reverse 137 292 complet oomplet 0 "Faux positif"
ORF8 177 58 reverse 240 416 complet complet 0 "Faux positif"
ORF9 204 67 reverse 561 764 complet complet 0 "Faux positif"
ORF10 177 58 reverse 810 986 complet complet 0 "Faux positif"
ORF11 165 54 reverse 987 1151 complet complet 0 "Faux positif"

 

ORF 1 et ORF 3 semblent être des faux positifs car leur taille est inférieure à 100 codons. Ils semblent aussi être chevauchant sur l'ORF 5, qui semble être un ORF novel ou known. à préciser.

 

ORF 5 incomplet en 5' (111aa en moyenne), Known car 34 alignements contre swissprot avec 27 alignements (avec e-value seuil = 3e-04) qui correspondent à un recepteur à la cobalamine (Vit B12) mais pourcentage d'idéntité entre 37% et 54%
DURAND_2024
12 Feb 2024 19:08
Game master

Bonjour,

réfléchis à tes extrêmités .....

Ensuite, en ce qui concerne les % d'identités , il est normal que tu ais un % plus bas, sachant que tu alignes sur des séquences de SwissProt (et peut-être en plus issues d'organismes plus "lointains" par rapport à ta bactérie ou archée ....).

Ce qui comptera derrière (sélection des séquences homologues pour l'alignement multiple et la reconstruction de l'arbre phylogénétique), c'est les séquences homologues identifiées lors du BLAST contre NR.

Bonne journée