Bonjour,

Je travaille sur un superbe ORF qui correspond a tous les critères demandés mais j'obtiens au blastp un e-valeur egal a 0 pour tous les hits avec le bdd refseq proteine.

Suite a un tentative de determiner le Groupe Etude et le Groupe Exterieur, ensuite a ma lecture sur le forum et conformement a votre suggestion j'ai réalisé un blastp contre refseq protéine avec environs la derniere moitié de la sequence protéique mais j'obtient encore,a vue de nez , plus 20% de hits avec un e-valeurs=0.

Pourriez vous me conseiller quand a la pertinance de ma perséverance avec cette ORF?Si oui doi-je refaire des tableaux BIS ou éffacer les autres et recommencer ?

Cordialement,

Bonjour,

Si les résultats de BLAST avec la séquence partielle vous permettent de définir le groupe d’étude, vous pouvez continuer. Sinon, vous pouvez tenter de raccourcir davantage le fragment pour le BLAST, ou utiliser la première partie, pour voir si cette partie est moins conservée.

L’ORF est vraiment très long et les % identités sont assez élevés ce qui donne des E-valeur très hautement significatifs.

En ce qui concerne les tableaux, gardez-les comme ils sont. Seulement deux parties devraient être basées sur un fragment de l’ORF : la synthèse de classification (Tableau 4), et le résultat brut de rapport taxonomique.

Bon travail,
Emese Meglecz