Bonjour,
les messages en vert ne sont pas des erreurs, mais simplement des informations.
Le message, "[ Pour info ] 5' incomplet: ne commence pas par une Méthionine'", n'est donc PAS grave !
Ce message vous informe seulement que votre ORF "semble incomplet en 5' ", car il ne commence pas par une méthionine.
MAIS ceci peut parfois simplement être lié à la recherche d'ORF que vous avez faite : paramètre "ANY codon" => l'ORF démarre par ANY codon, ce n'est pas forcément un codon start, donc pas forcément un codon codant une Méthionine.
C'est le cas de votre ORF, d'où ce message en vert.
Pour définir si l'ORF est complet ou incomplet en 5', il faut regarder la position de début de l'ORF.
- Un ORF commençant à la position 1, 2 ou 3 a de fortes chances d'être incomplet en 5'
- Un ORF commençant à une position supérieure à 3 a beaucoup de chance d'être complet ==> Pourquoi ?
==> Quelle est la position de début de votre ORF ?
==> Par conséquent, est-il complet ou incomplet en 5' ?
==> Dans ce cas, avez-vous des aa manquants ? Ou des aa en trop ?
==> Ou se trouverait le start de votre séquence ?
Bon travail,
Bénédicte WIRTH