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Forum "Recherche d'ORF"

Sujet de discussion: ORF finding

ORF finding

merlishhh
12 Feb 2024 16:57
Contribution non évaluée

	Taille (nt)	Taille (aa)	Brin	Position début	Position fin	ORF complet en 5'	ORF complet en 3'	Nb d'alignement BLAST NR EV<1E-10	Classification des ORF
ORF1	243	80	direct	112	354	complet	complet	0	"Faux positif"
ORF2	156	51	direct	514	669	complet	complet	0	"Faux positif"
ORF3	186	61	direct	670	855	complet	complet	0	"Faux positif"
ORF4	186	61	direct	1192	1377	complet	complet	0	"Faux positif"
ORF5	1407	468	direct	<3	>1409	incomplet	complet	>5000	"Known"
ORF6	177	58	reverse	10	186	complet	complet	0	"Faux positif"
ORF7	156	51	reverse	137	292	complet	oomplet	0	"Faux positif"
ORF8	177	58	reverse	240	416	complet	complet	0	"Faux positif"
ORF9	204	67	reverse	561	764	complet	complet	0	"Faux positif"
ORF10	177	58	reverse	810	986	complet	complet	0	"Faux positif"
ORF11	165	54	reverse	987	1151	complet	complet	0	"Faux positif"

ORF 1 et ORF 3 semblent être des faux positifs car leur taille est inférieure à 100 codons. Ils semblent aussi être chevauchant sur l'ORF 5, qui semble être un ORF novel ou known. à préciser.

ORF 5 incomplet en 5' (111aa en moyenne), Known car 34 alignements contre swissprot avec 27 alignements (avec e-value seuil = 3e-04) qui correspondent à un recepteur à la cobalamine (Vit B12) mais pourcentage d'idéntité entre 37% et 54%

DURAND_2024
12 Feb 2024 19:08
Maître de jeu

Bonjour,

réfléchis à tes extrêmités .....

Ensuite, en ce qui concerne les % d'identités , il est normal que tu ais un % plus bas, sachant que tu alignes sur des séquences de SwissProt (et peut-être en plus issues d'organismes plus "lointains" par rapport à ta bactérie ou archée ....).

Ce qui comptera derrière (sélection des séquences homologues pour l'alignement multiple et la reconstruction de l'arbre phylogénétique), c'est les séquences homologues identifiées lors du BLAST contre NR.

Bonne journée