Bonsoir,

Lors des résultats de mon alignement multiple ,les séquences commencent en amont de mon ORF(dans mon extrémité N Terminale).

Est-ce problématique?

Merci de votre suivi ,bonne soirée.

Bonjour,

Non, ce n’est pas du tout un problème. Par contre, essayez à expliquer cette observation. C’est important pour vos analyses.
Relisez la section ORF Finder du cours et dites-moi si vous avez besoin des pistes supplémentaires.

Bonne journée,
Emese Meglecz

Bonsoir,je ne suis pas sur mais je tente quand meme...

Est-ce du fait que l'on a utilisé "any codon"donc ORF Finder trouve les ORF au sens large : au moins N codons consécutifs sans codon STOP et affiche donc l'ORF le plus long possible.

Merci 

Regardez la figure 2 du cours sur les ORFs (https://ametice.univ-amu.fr/pluginfile.php/7011721/mod_resource/content/4/1_2_ORF_recherche_homologues_2023-24.pdf)
Bonne soirée !

Rebonjour,

Je me permets de vous recontacter concernant ce point car j'y ai réfléchi depuis deux jours et je ne saisis pas bien les nuances des différents cas de la figure 2 du cours . J'ai réfléchi à trois options mais je ne sais pas si je suis sur la bonne voie. Si vous pouvez aiguiller ma rélexion. Merci. 

1. Séquences non codantes en amont : Les régions en amont de l'ORF peuvent contenir des séquences non codantes, telles que les régions promoteurs, les séquences 5' UTR (non traduites) ou d'autres éléments régulateurs. Si ces régions diffèrent entre les séquences, cela pourrait conduire à un décalage dans le positionnement relatif des ORF lors de l'alignement.

2. Variabilité des sites d'initiation de la transcription : Les sites d'initiation de la transcription peuvent varier entre différentes séquences. Si les séquences que vous alignez ont des points de départ de transcription différents, cela pourrait entraîner un décalage dans la position relative des ORF.

3. Différences dans la séquence promotrice : Les séquences promotrices, responsables de l'initiation de la transcription, peuvent varier entre les gènes ou les espèces. Des différences dans ces régions peuvent conduire à des décalages lors de l'alignement.

Rebonjour,

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Je me permets de vous recontacter concernant ce point car j\'y ai réfléchi depuis deux jours et je ne saisis pas bien les nuances des différents cas de la figure 2 du cours . J\'ai réfléchi à trois options mais je ne sais pas si je suis sur la bonne voie. Si vous pouvez aiguiller ma rélexion. Merci. 

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   Séquences non codantes en amont : Les régions en amont de l\'ORF peuvent contenir des séquences non codantes, telles que les régions promoteurs, les séquences 5\' UTR (non traduites) ou d\'autres éléments régulateurs. Si ces régions diffèrent entre les séquences, cela pourrait conduire à un décalage dans le positionnement relatif des ORF lors de l\'alignement.

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   Variabilité des sites d\'initiation de la transcription : Les sites d\'initiation de la transcription peuvent varier entre différentes séquences. Si les séquences que vous alignez ont des points de départ de transcription différents, cela pourrait entraîner un décalage dans la position relative des ORF.

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   Différences dans la séquence promotrice : Les séquences promotrices, responsables de l\'initiation de la transcription, peuvent varier entre les gènes ou les espèces. Des différences dans ces régions peuvent conduire à des décalages lors de l\'alignement.

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Bonjour,

Je suis désolée pour ma réponse tardive. 

Je pense que vous compliquez votre vie inutilement, en cherchant des solutions compliquées. 

Je regroupe ici une série des informations.

1. Les séquences métagénomique sont des régions ‘aléatoires’ des génomes. Par aléatoires, je veux dire que le début et la fin de séquence ne correspondent pas nécessairement avec le début et fin des gènes. Les séquences commencent à une position aléatoire du génome, et terminent 1000-2000 nucléotides plus tard.
2. En conséquence, on n’a aucune garantie que les ORF codant dans les séquences sont complets. Ils peuvent être 
   a.    complets aux deux extrémités
   b.    complet à 5’ incomplet à 3’
   c.    incomplet à 5’ complet à 3’
   d.    incomplet aux deux extrémités.
3. BLAST fait des alignements locaux. Ceci veut dire que si la traduction de l’ORF ressemble à une région d’une séquence dans la BDD, il va les aligner sur cette zone. Si l’ORF est incomplet en 5’ par exemple, les alignements ne vont pas contenir les débuts des homologues.
4. En revanche, quand vous téléchargez les homologues, les protéines entières sont téléchargées et pas seulement les régions alignées. 

Bon travail,
Emese Meglecz