Bonjour,
en essayant de déterminer les synonymes des fonctions comme dans la vidéo via QuickGO afin de déterminer la E-value Seuil je n'obtiens pas pareil. J'ai donc cherché un moment à travers les fiches de la colonne "Accession" et sur NCBI pour essayer de comprendre quelles fonctions étaient synonyme. J’ai compilé ce que j’ai trouvé et crois avoir compris dans un tableur que je vais essayer de joindre en fin de message.
Il me semble que les protéine dite « Bactériorhodopsine-like » et « bactériorhodopsine » ont des fonctions quasi similaires j’ai donc envie de les considérer comme « synonyme » et placer ma valeur seuil plus loin.
Dans un second temps « rhodopsin » « family A G protein-coupled receptor-like protein » « microbial rhodopsin family protein » semble être la même chose qui désignerais la fonction « sensory rhodopsin I », mais je n’en suis vraiment pas sûr vu le peu d’information disponible.
Ils seraient donc proche de « sensory rhodopsin II» et « sensory rhodopsin III ». Cependant ces désignations dans la liste concernent que peux de lignes et qui sont souvent annoté de manière pas très détaillée (issus du blastp contre RefSeq_protein).  Est-il pertinent de les prendre en compte, ou de les considéré comme les protéines hypothétique/ non caractérisé ?
En regroupant ce qui semble être la même chose sous des noms différent et en excluant les protéines hypothétique, non caractérisé ou non nommé une version simplifiée de ma table 3 serait :
 

Dans ce cas, La E valeur seuil est elle 8.7 qui désigne l’alignement avec « TetR family transcriptional regulator » qui est clairement un non homologue ?
Dois-je retiré du tableau « sensory rhodopsin I » ? Ou au contraire y chercher ma valeur seuil vu que la E value de certaines lignes tend vers 1 voir le dépasse parfois ?

J’ai le même souci avec Le blastp conte Swissprot à la différence qu’il ne m’a retournée que 7 résultats.

Dans l’attente de votre réponse, cordialement.




Table annexe 1 mentionné au début du message

Bonjour,

Tout d’abord, bravo pour votre analyse de fonctions !

Vos explications me semblent cohérentes, et le tableau simplifié et très bien. Vous avez raison d’écarter la fonction 'TetR family transcriptional regulator'.

En ce qui concerne les fonctions sensory rhodopsin I-III, vous avez raison aussi. Vu que les annotations sont peu détaillées, le faible nombre des séquences concernées, et surtout que les E-valeur sont relativement hautes, vous pouvez placer le seuil en dessous de meilleurs E-valeur de ces hits.  Notez quand même dans votre rapport, que c'est une décision pragmatique pour la suite de votre travail : Le but de trouver une E-valeur seuil entre homologues et non-homologues, c’est d’éviter de prendre des séquences non-homologues pour les analyses phylogénétiques. Pour les hits sensory rhodopsin I-III vous avez émis un doute légitime, il faut donc prendre une décision plutôt prudente, quitte à éliminer quelques homologues.

Bon travail,
Emesse Meglecz

Merci pour votre réponse.
Je continu donc en les excluants. J'avais un peu peur d'avoir mal compris quelque chose et de faire fausse route.
Cordialement.