Bonjour

j'avais choisi coe groupe d'etude :Flavobacteriia et groupe exterieur tous les autres Bacteroidetes non-Flavobacteriia et obtenu un arbre giganteste et En voyant  aussi l'arbre de la vie je vois que les deux premiers groupes exterieurs (Bacteroidia et Cytophagia ). par rapport a l'arbre de la vie  j'ai choisi coe groupe exterieurs Bacteroidia et Cytophagia.est ce que c'est largement suffissant?ou bien travailler avec tous les groupes exterieurs sans tenir compte de l'arbre de la vie?

je vous joins en copie  l'arbre de la vie.

MERCI

AMIRA

Bonjour,

Autour de groupe CFB bactérie, il y a une incohérence entre l’arbre de vie et la taxonomie. Ceci est dû au fait qu’il y a encore beaucoup d’inconnu sur la relation parenté au sein et autour de ce groupe.
Si vous vous basez sur la taxonomie, il faudra inclure toutes les classes de Bacteroidetes non-Flavobacteria dans le groupe extérieur. Vous n‘avez pas besoin d’ajouter beaucoup de séquences, mais ça sera bien d’avoir 1-2 de chaque classe. Votre arbre actuel est bien, mais vous pouvez ajouter sans problème encore quelques séquences. Attention, l’arbre n’est pas enraciné correctement.

Si vous voulez vous baser sur l’arbre de vie de l’Annotathon, il vous manque des informations, car les groupes Sphingobacteriia, Chitinophagia… etc , ne sont pas dans l’arbre. Ils peuvent être partis de groups CFB ou pas. Dans le doute je me baserais plutôt sur la taxonomie.

Par contre, vous pouvez faire une recherche bibliographique. Si vous trouvez des papiers qui soutiennent que le Flavobacteriia, Bacteroidia, Cytophagia sont plus proches parents entre eux et forment un clade sans les autres classes de Bacteroidetes, vous pouvez réduire le groupe extérieur.

Bon travail,
Emese Meglecz

Bonjour

Merci de m'avoir repondu si vite

j'ai contruit un autre arbre en incluant toutes les classes de Bacteroidetes non flavobacteria dans le groupe exterieur.j'ai aussi essayé d'enraciné l'arbre est ce bien fait?

J'arrive pas à copier ici

merci

Amira

Très bien :)