Bonjour, je n'arrive pas a trouvé une limite homologues non homologues, de plus la séquence est très abondante et la même fonction apparait encore avec un nombre de description de 20 000 sans aucun saut pour toutes les variables de comparaisons de plus il y a plusieurs e value égale à 0 et j'aimerai savoir ce que cela veut dire !

Merci de votre aide

Sinon je trouve un saut à la 2e-112 e-value  ce qui est très tôt es que cela peut correspondre au seuil ? je ne pense pas ! merci de répondre rapidement .

Bonjour,

Si vous saviez exactement ce qu'est une e-value, la valeur zéro ne vous choquerait pas. Cela veut tout simplement dire que dans la base de donnée nr, il y a 0 séquence qui peut obtenir un tel score complètement dû au hasard.

On ne vous demande pas d'aller jusqu'à 20 000 résultats dans BLAST mais seulement 5 000. Si avec 5 000 résultats vous n'avez toujours pas de séquence non-homologue, vous n'avez même pas besoin de trouver le score seuil !
En aucun cas, un score de 2e-112 ne peut être un score seuil, même s'il y a un saut. Avec une telle e-value, les séquences trouvées par BLAST sont encore des homologues.

Bonne continuation

Raphaël