Si l'alignement multiple présente des séquences qui commencent toutes par un M il faut refaire la recherche d'ORF
Par ATG comme codon d'initiation, n'est ce pas?
ou c'est un blastx de la séquence de notre lot qui va nous aider à trancher?

Votre question n'est pas si limpide mais en regardant votre alignement multiple on constate:
gi|17987739|ref|NP_540373.1|        MLRHGKSKVSHKQQADQTAISIRPALRRKSMTIKVGDRLPAATFKVKTAD
gi|23501379|ref|NP_697506.1|        ------------------------------MTIKVGDRLPAATFKVKTAD
gi|148559629|ref|YP_001258495.      ------------------------------MTIKFGDRLPAATFKVKTAD
gi|62289459|ref|YP_221252.1|        ------------------------------MTIKVGDRLPAATFKVKTAD
gi|153007937|ref|YP_001369152.      ------------------------------MTIKVGDKLPAATFKVKTAD
gi|86356614|ref|YP_468506.1|        ------------------------------MTIAIGDKLPAATFKEKTAD
gi|116250810|ref|YP_766648.1|       ------------------------------MTIAIGDKLPAATFKEKTAD
gi|150395754|ref|YP_001326221.      ------------------------------MNIAVGDKLPNVTFKEKTAE
gi|33593679|ref|NP_881323.1|        ------------------------------MTIKAGDRVPDGTLTEFIET
gi|33595793|ref|NP_883436.1|        --------------MPRPFGRTSPEKPESLMTIKVGDRVPDGTLTEFIET
gi|121527984|ref|ZP_01660598.1      -------------------------------MIQPGQPLPDATLYEFFEV
gi|134095964|ref|YP_001101039.      ------------------------------MTIKIGDQLPEARLAEYIDV
gi|152981331|ref|YP_001354699.      ------------------------------MTIKVGDQLPEARLAEYVDV
gi|154251139|ref|YP_001411963.      ------------------------------MTINVGDKIPEATLMQMTDK
gi|159042669|ref|YP_001531463.      --------------------------------MQVGDKLPEADLIKLGAD
gi|149915469|ref|ZP_01903996.1      ------------------------------MTISKGDKLPDATLLQMGEN
ORF_RK22550                         -----------------NNRCKRLYIKKIIMKIKSGDKLPQNDFFYLDGA
gi|91220663|ref|ZP_01256927.1|      ------------------------------MKIKVGEKIPSTEFFHIDGD
gi|71082835|ref|YP_265554.1|        ------------------------------MKLKENDNIPNSEFFIME-D
                                                                    :  .: :*   :      
et là il n'y a pas photo: votre ORF commence surement à la Met 13! Mais pas besoin de refaire un SMS pour ça, enlevez 13 codons à la position de début, non?

Cet alignement pose aussi la question de la validité de la position de début de deux autres séquences de NR: est-ce des vraies extensions N-terminales ou des erreurs d'annotateurs.....

En tout cas c'est assez rare d'avoir une telle précision quasimment immuable de position N-terminale.

bonjour,
si on met notre séquence avec une Methionine, est ce qu'on a besoin de refaire toutes
les analyses : blast, alignement multiple...?

A minima changez le position de début de l'ORF afin de faire disparaitre l'alerte "5' incomplet"; ensuite refaire toute les analyses n'est indispensable que si vous avez de très bonnes raisons de penser que de diminuer ainsi la partie N-terminale va modifier significativment vos résultats...
Le plus souvent vous ne racourcissez que de quelques AA donc il y a de fortes probabilités pour que le BLAST et l'arbre restent essentiellement les mêmes. Dans l'exemple ci-dessus, éventuellement refaire l'alignement multiple (l'éditer à la main est tout à fait légitime) pour le mettre en accord avec votre nvelle position de début.