Bonjour, 

Je voulais savoir si c'était normal que dans plusieurs cadres de lecture, ORf finder ne trouve pas d'ORFs bien que le pourcentage d'identité de ma séquence soit assez élevé et que l'alignement est suffisamment long ? 

Merci. 

Bonne soirée,

Sarah Spingarn 

Bonjour,

Oui, c’est tout à fait normal. 

Avec BLASTx vous obtenez les meilleurs hits qui correspondent en général un des ORFs (le plus long/avec les meilleurs %identité). 
Dans votre cas, l’ORF le plus longue couvre presque la totalité de la séquence. Ceci veut dire qu’on n’attend pas d’autres ORFs codants sur la même région, et ceux qui sont trouvés par ORFfinder sont les faux positives.

Bon travail,
Emese Meglecz