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Forum "Analyse phylogénétique"

Thread subject: les séquences de groupe extérieure dans l'arbre phylogénique

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les séquences de groupe extérieure dans l'arbre phylogénique
DJABER-HOU
15 Apr 2019 17:26
Non evaluated contribution		 
Bonjour tout le monde, 
j'ai choisi la classe " Flavobacteriales " comme groupe d'étude et "Flavobacteriia" en groupe extérieur. 
Comment pensez vous que je puisse trouver et séléctionner le groupe extérieur pour reraciner cet arbre ? 
    
             +------+ BBFFFA2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F         
                        +---+ 0.972000                                                                        
                        |   +--------+ BBFFCu2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-C       
                      +-+ 0.831000                                                                            
                      | | +-------+ BBF5-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-E-value8e-155-Bacter           
                      | +-+ 0.454000                                                                          
                      |   +---+ BBFFFZ1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F              
                      |                                                                                       
                      |        +--+ BBFFFH1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F          
                      |        |                                                                              
                      |       +++0.942000-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-E-v          
                      |       |++ 0.859000                                                                    
                      |       | 0.735000FF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-Fl         
                     ++ 0.892000                                                                              
                     ||       | +-+ BBFFF2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-Fl          
                     ||     +-+-0.79700000                                                                    
                     ||     | | +-+ BBFFFP1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F          
                     ||     | |                                                                               
                     ||    ++ 0.815000FW1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F            
                     ||    ||                                                                                 
                     ||    |+--------+ BBFFFD1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F       
                     ||    |                                                                                  
                     |+----+ 1.000000+ BBF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-E-value6e-176-Bacter        
                     |     |  |                                                                               
                    ++ 0.294000 0.374000 +--+ BBFF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-E-v
                    ||     || |       +--+ 0.974000                                                           
                    ||     || +-------+ 1.000000RGCv2-8311010-Translation-3-1163-direct-strand                
                    ||     ++ 0.847000|                                                                       
                    ||      |         +---+ BBFFCu1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-C  
                    ||      |                                                                                 
                    ||      +----------+ BBF4-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-E-value3e-155-Bacter      
                    ||                                                                                        
                  +-+|0.885000+ BBF2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-E-value3e-162-Bacter               
                  | ||++ 0.402000                                                                             
                  | |+++0.859000FE1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                  
                  | | |                                                                                       
                  | | +---+ BBFFFA1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                  
                  | |                                                                                         
                +-+ 0.937000+--+ BBFFFP2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F             
                | | |   +---+ 0.984000                                                                        
                | | +---+ 0.992000BFFCu3-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-C             
                | |     |                                                                                     
                | |     +------+ BBFFFT1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F             
               ++ 0.836000                                                                                    
               || +-----+ BBFFFC1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                    
               ||                                                                                             
               || +---+ BBF3-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-E-value3e-161-Bacter                       
               |+-+ 0.910000                                                                                  
               |  +--------+ BBF6-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-E-value9e-152-Bacter                  
               |                                                                                              
          +----+ 0.529000     +---------+ BBF7-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-E-value2e-130-Bacter     
          |    |             ++ 0.316000                                                                      
          |    |          +--++0.949000 BBFFCB1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-C      
          |    |          |  |                                                                                
          |    |          |  +---------+ BBFFCF1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-C     
          |    |        +-+ 0.357000                                                                          
   +------+ 0.994000    | |   +----+ BBFFCO1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-C         
   |      |    +--------+ 0.999000978000                                                                      
   |      |             |     +------------+ BBFFCO2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-C 
   |      |             |                                                                                     
 +-+ 0.832000           +----------+ BBFF3-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-E-v         
 | |      |                                                                                                   
 | |      +------------------------+ BBFFC1-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-Ca         
 | |                                                                                                          
=| +--+ BBFFFC3-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                                      
 |                                                                                                            
 +----+ BBFFFE2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                                      
 |                                                                                                            
 ++ BBFFFC2-Bacteria-Bacteroidetes-Flavobacteriia-Flavobacteriales-F                                          
                                                                                                              
 |-----|-----|----|-----|-----|-----|-----|--                                                                 
 0   0.1   0.2  0.3   0.4   0.5   0.6   0.7                                                                   
 substitutions/site
Meglecz18CTES
15 Apr 2019 17:44
Game master

Bonjour Djaber,

Le choix de Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia:Flavobacteriales comme groupe d’étude semble logique, mais dans ce cas vous ne pouvez par choisir des séquences qui sont sûrement Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia non Flavobacteriales.
Dans la ligne Bacteria:Bacteroidetes:Flavobacteriia, on ne connait pas l’ordre des séquences. Elles peuvent être Flavobacteriales ou d’autres.
Il n’est donc pas étonnant qu’on ne puisse pas séparer le groupe d’étude et le groupe extérieur dans votre arbre.

Je vous conseille d’élargir un peu votre groupe d’étude.

Bon courage,
Emese Meglecz