J'ai trouvé cette séquence intéressante qui regrouperait un opéron de l'uréase (alpha, beta, gamma et prot. acc. D) partagée par un grand nombre de bactéries.

Néanmoins, le seul ORF de 200 aa n'a que 34% max d'identité. Les autres ORF ont eux 85% approx d'identité mais font seulement 100 aa env.

Je ne le conserve pas ?

Bonjour Lucien,
Je vous suggère de garder cette séquence en réserve.
34% d’identité est très faible. Je parie que l’alignement multiple ne sera pas de bonne qualité, donc l’arbre phylogénétique risque d’être non-interprétable.
Les autres ORF peuvent éventuellement bons si après l’étape de curation ils restent encore une centaine de positions…. mais c’est un peu la limite.
Bon travail,
Emese Meglecz