Forum "Domaines conservés: INTERPRO"

Sujet de discussion: domaine protéique

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domaine protéique
sweet
14 May 2009 21:03
Contribution non évaluée
Bonjour,
Dans ma séquence 2 GOS_809020, c\'est au sujet des domaines protéiques. Pour un domaine IPR on doit lister le domaine issu d\'une autre banque de donnée qui est le plus long ou qui a la e-value la plus petite?
Sur la correction vous dite \"qu\'elle est la répartition trouvée avec interproscan\" c\'est-à-dire de quel organisme la séquence pourrait être issue?

Merci sweet
Brochier09
14 May 2009 21:24
Maître de jeu
Bonsoir,

Je ne comprends pas la question : "Pour un domaine IPR on doit lister le domaine issu d\'une autre banque de donnée qui est le plus long ou qui a la e-value la plus petite?"

"Sur la correction vous dite \"qu\'elle est la répartition trouvée avec interproscan\" c\'est-à-dire de quel organisme la séquence pourrait être issue? " << Non, on vous demande de décrire la répartition taxonomique du domaine considéré. Dans l'idéal vous devez comparer cette répartition taxonomique à celle observée par blast.

Cordialement,

Céline
sweet
14 May 2009 21:27
Contribution non évaluée
pour choisir le domaine que l'on liste dans l'annotathon on le choisi plutôt parce qu'il a une e-value basse ou parce qu'il est le plus long?

Merci
Brochier09
15 May 2009 9:40
Maître de jeu
Bonjour,

Il n'y a pas de règle absolue. Vous devez réfléchir, tenir compte des deux informations, faire une analyse comparative des fonctions des différents domaines, les comparer à celles observées par blast...

Cordialement,

Céline Brochier