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T-Coffee / 3D-Coffee |
casan
19 Dec 2008 20:17
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Bonjour,
J'aurais aimé savoir s'il y a une différence entre ces deux méthodes, autre que la 3D? (surtout au niveau de la sensibilité en fait)
Merci d'avance,
casan |
Hingamp_BC08
19 Dec 2008 22:11
Game master |
3D-COFFEE est une extension de T-COFFEE qui exploite l'information "structurale" (donc 3D) des protéines pour guider l'alignement multiple. Cette méthode peut se révéler plus efficace que la version "séquence seule", car il est souvent possible d'observer des homologies de structure lorsque les homologies des séquences sous-jacentes sont devenues impossible à retrouver. Il faut par contre que des structures de séquences homologues aient été résolues expérimentalement pour pouvoir profiter de 3D-COFFEE (ces structures sont recherchées dans la banque de structures PDB)... |
casan
19 Dec 2008 22:16
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Y aurait-il un risque (en utilisant 3D-Coffee à la place de T-Coffee) d'arriver à un alignement moins bon, si certaines structures de séquences homologues n'ont pas été résolues et placées dans PDB? |
Hingamp_BC08
19 Dec 2008 22:26
Game master |
Toutes les séquences n'ont pas besoin d'être résolues en structure pour bénéficier de l'apport 3D-COFFEE; dans le pire des cas (aucune structure connue), vous aurez du T-COFFEE "simple", ce qui reste une des méthodes les plus performantes connues pour l'aln multiple de séquences... |
casan
19 Dec 2008 22:28
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D'accord! Merci pour ces explications! |
casan
20 Dec 2008 13:50
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En essayant de faire un alignement 3D-Coffee avec des séquences en format fasta, j'ai le message d'erreur suivant qui apparait, et je ne comprends pas pourquoi.
Error: Alignment returned the following error:
Execution failed: T-Coffee execution returned the following error code: 1
Est ce normal? |
Hingamp_BC08
20 Dec 2008 20:13
Game master |
Vous utilisez Phylogeny.fr pour faire 3D-COFFEE? Dommage que le message d'erreur ne soit pas plus explicite! J'ai essayé sur le serveur "officiel" de 3D COFFEE et ça marche bien (attention à vos formats FASTA: noms uniques etc):
http://tcoffee.vital-it.ch/cgi-bin/Tcoffee/tcoffee_cgi/index.cgi?stage1=1&daction=EXPRESSO(3DCoffee)::Regular |
Hingamp_BC08
20 Dec 2008 20:15
Game master |
Le lien ci-dessus est cassé, copiez-le en entier, ou alors utilisez le lien suivant et demandez Expresso(3DCOFFEE):
http://tcoffee.vital-it.ch/cgi-bin/Tcoffee/tcoffee_cgi/index.cgi |
casan
20 Dec 2008 23:08
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Merci beaucoup |